现代社会中政府的管辖和服务领域涉及到整个社会生活的方方面面,为了厘清权责、提高行政效率,依照官僚制的组织设计,政府内部不同职能部门之间有着自身特定的工作范围,各司其责,各行其事。然而随着信息化社会的到来、全球化进程的加快,包括团体和个人在内的社会公众的需求更加多样,对政府的回应能力提出了更高的要求；另一方面,进入21世纪以来,世界范围内各种重大自然灾害、突发公共危机事件频发,政府部门处理复杂问题的能力受到空前挑战。回应复杂需求、处理突发事件,无不需要政府不同职能部门之间的良性协调与无缝合作。在相当长的一段时间里,个体主义的方法论始终主宰着社会科学领域的研究方法。马克思·韦伯的官僚制理论、泰勒的科学管理理论,直至后来的新公共管理运动,都从个体主义的研究方法出发,着眼于严格的层级节制和专业化分工,借助企业管理理念提高政府部门工作效率。个体主义、工具理性的价值取向带来了职能部门间的孤立与冷漠,合作意识缺失,信息闭塞、各自为政。随着改革与实践的发展,个体主义的管理方法不得不对自身进行不断的修改和补充,与之相对的整体主义方法论也逐渐觉醒和复兴。整体主义的管理方法从价值理性出发,强调在部门联合的基础上加强部门间的协调机制,并且更加注重不同职能部门在组织目标与价值理念方面的整合。为推动政府部门间协调与合作,西方国家进行了各种改革实践,其中规模较大、影响较为广泛的有“协同政府”、“整体政府”等。在我国,以大部门体制为代表的政府机构改革也将部门整合与协调机制的革新作为重要内容,同时辅以各类议事协调机构的建设和完善。然而当前我国的改革实践更多的仍停留在结构层面,价值和理念层面的革新仍然缺失,政府部门的“整体”优势无法完全体现。本文在研究过程中运用文献研究、比较研究和案例分析等方法,在对个体主义和整体主义的管理理论进行分析与归纳的基础上对当前我国政府部门间协调与合作的现状与困境展开分析与思考,从整体主义的方法论视角出发,在组织结构、信息资源和文化整合等不同方面对促进我国政府部门间协调与合作、重塑政府部门的协调与合作精神和整体价值理念的途径与方法提出建议,以期为今后的改革进程提供参考。