本研究根据文献记载野生牡丹分布以及本课题组之前的野外考察记录,选用四川牡丹（P.decomposita）、圆裂牡丹（P.rotundiloba）两个野生种共7个居群的心皮器官进行采样作为实验材料进行基因的克隆。选用上述7个居群中的理县甘堡居群、黑水麻窝居群、马尔康脚木足居群中的叶片、雄蕊、花瓣、花萼、心皮作为基因表达的材料进行基因的荧光定量分析。主要取得了以下结果:（1）PsAG基因全长约631bp,进行同源性分析可得该基因在样本中同源一致性达98.59%。提交NCBI进行BLAST比对后进行同源性分析和系统发育树构建,牡丹与基因同源性较高的物种在系统进化树中并未聚为一类。在基因表达分析中,该基因在圆裂牡丹中的表达量大于四川牡丹中的表达量。同一居群间不同心皮数目中在心皮数目为3的样本中表达量最高。在同一植株不同心皮数目的样本中的表达量于心皮数目为4的样本中表达量最高。在不同的花器官中,该基因在理县甘堡和黑水麻窝居群中只在心皮和花萼如中表达,在花萼、叶片、花瓣中不表达,在马尔康脚木足居群中只在心皮中表达。（2）PsAGL6基因全长约735 bp,进行同源性分析可得该基因在样本中同源一致性达98.35%。提交NCBI进行BLAST比对后进行同源性分析和系统发育树构建,在系统发育树中木本植物和草本植物有明显聚类。在基因表达分析中,该基因在圆裂牡丹中的表达量大于四川牡丹中的表达量。同一居群间不同心皮数目中在心皮数目为5的样本中表达量最高。在同一植株不同心皮数目中的的表达量于心皮数目为3中表达量最高。该基因在花器官心皮、花萼、花瓣中均有表达。（3）PsSEP3基因全长约197 bp,进行同源性分析可得该基因在样本中同源一致性达93.59%。该基因与其他物种进行同源性分析并构建系统发育树。作为四川牡丹的马尔康脚木足居群与芍药的亲缘关系较近,聚为一类后与圆裂牡丹的理县甘堡居群聚为一类。在基因表达分析中,该基因在圆裂牡丹中的表达量大于四川牡丹中的表达量。同一居群间不同心皮数目中在心皮数目为5的样本中表达量最高。在同一植株上不同心皮数目的表达量于心皮数目为2的样本中表达量最高。在同一花器官中该基因在心皮、叶片、花蕊、花瓣中均有表达,且在心皮中的表达量低于在其他器官中的表达量。