住房公积金是由国家运用法律手段、经济手段及行政手段进行强制储蓄,定向用于居民住宅建设和住宅融资的专项资金。我国的住房公积金制度源于新加坡,建制以来,它在加快我国城镇住房制度改革步伐、完善住房供应体系以及改善居民住房条件等方面发挥了重要的作用。伴随着社会主义市场经济体制的深化,全国各地区乃至各单位以及个人之间的经济状况出现了明显的差距,住房公积金制度在执行过程中存在的公平缺失现象日渐显现,主要表现在:1、住房公积金发展规模呈现“区域性”不平衡的特点,而全国各住房公积金管理中心相互独立,按照各自地域、行业系统进行封闭的资金筹集和运用。2、我国现行的住房公积金缴费率,其设计忽视了我国区域经济发展不平衡的基本国情,单一、刚性缴费率导致收入分配中的不合理现象,又完全投影于住房分配中的利益倾斜等方面。本文从实证研究的角度出发,在国内外学者相关研究成果的基础上,运用定量分析与定性分析相结合的方法,构建了研究我国住房公积金运行机制的相关指标体系,并运用主成份分析法,以行政区域为单位,通过对全国31个省(市、自治区)的经济发展水平、社会保障发展水平、房地产业发展水平及居民收入消费水平进行综合分析、比较、归类,为我国住房公积金制度运行存在的“区域性”特征提供了科学依据,并以此为基础,探讨了建立区域性住房金融支持机构以及实行住房公积金弹性缴费率的可行性,以寻求住房公积金制度发挥其最大潜力的运行模式。文章最后从住房公积金制度运行的宏观层面和微观层面出发,就如何保障广大中低收入群体住房利益的问题展开进一步探讨。