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营造优质、稳定的养殖水体环境是对虾健康养殖的关键。作为水体生态系统的两个基本生物组成元素，浮游藻类和浮游细菌的群落结构不仅影响着养殖水体环境的稳定性，还影响着生态系统的整体功能。近年来越来越多的研究开始关注对虾养殖池塘中浮游藻、菌的群落组成，然而已有的大部分研究或分析方法传统、单一，或忽视了两者之间的相互作用关系，在揭示对虾养殖过程中浮游藻、菌群落演替的内在机制方面存在一定的局限性。针对以上问题，本论文对集约化对虾养殖系统内的浮游藻、菌的群落演替及其影响因子进行了较系统和深入地分析，结合多种多元统计学方法，比较了不同藻类群落下浮游细菌群落结构及群落稳定性的差异，探讨了养殖过程中藻、菌群落间及个体间的相互作用关系；同时，结合各藻、菌的生态功能特性，筛选出具有生态指导意义的藻-菌互作组并加以验证。主要研究结果如下： （1）于2016年4月~2016年7月期间对宁波市6口典型大棚集约化对虾养殖池塘中的浮游细菌进行高通量测序，分析了对虾养殖期间浮游细菌群落结构、种间相互作用关系和潜在代谢功能的演替过程及其影响因子。结果表明，采样期间共获得24,122个OTU。非参数多维度分析（NMDS）和时滞分析（TLA）表明浮游细菌群落结构随养殖活动的进行发生了较为明显的单方向性演替，这一过程可由聚类分析（CLUSTER）分成4个阶段，不同演替阶段其潜在优势种、关键种和生态进程均不相同。典范对应分析（CCA）和Pearson相关分析表明，溶解氧、营养盐和浮游藻类可能主要是通过影响群落中的敏感种来影响浮游细菌群落的演替。之后，应用PICRUSt（Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States）对浮游细菌的潜在代谢功能进行预测，发现采样期间浮游细菌群落的潜在代谢功能也随养殖活动的进行发生了明显的演替，且影响对虾养殖过程中浮游细菌潜在代谢功能演替的环境因子与影响浮游细菌群落演替的环境因子基本一致，说明通过操纵养殖水体环境因子有可能建立一个行使特定生态功能的浮游细菌群落。 （2）于2016年4月~2016年7月期间对宁波市6口典型大棚集约化对虾养殖池塘中的浮游藻类进行调查，分析了对虾养殖期间浮游藻类群落结构和种间相互作用关系的演替过程及其影响因子。结果表明，采样期间共鉴定出浮游藻类85种。NDMS和TLA分析表明，浮游藻类群落结构随养殖活动的进行也发生了较为明显的演替现象，CCA分析显示，浮游藻类演替可能会受到水温、溶氧、pH、盐度Verrucomicrobia菌门的影响。变量拆分分析（VPA）表明这些外部因子仅能解释群落变异的20%，说明仅凭外部因子可能并不能完全解释浮游藻类群落的演替过程。应用eLSA（Extended local similarity analysis）网络分析来构建浮游藻类-浮游细菌-水体理化因子网络，通过对比各子网络的拓扑特性可以发现，种间相互作用关系作为影响群落演替的内部因子，广泛存在于浮游藻类之间，且其作用力甚至有可能超过了外部因子的干扰作用。 （3）通过对养殖期间宁波市两家养殖厂11口大棚集约化对虾养殖池塘中浮游藻类、浮游细菌的群落结构和对虾的生长、免疫指标进行跟踪调查，比较了不同藻类群落下养殖对虾生长健康、浮游细菌群落组成和稳定性的差异。结果表明，相较于硅藻养殖水体，绿-硅藻养殖水体中的对虾特定生长率更高，免疫力更强（p＜0.05）。NMDS和LEfSe（Linear discriminant analysis effect size）分析显示，不同藻类群落下浮游细菌群落结构不同，绿-硅藻养殖水体中的浮游细菌群落多为隶属于Rhodobacterales菌目的有益菌，而硅藻养殖水体中多为隶属于Gammaproteobacteria菌纲的潜在致病菌。MEN（Molecular ecological network analysis）分析显示，绿-硅藻养殖水体中的浮游细菌群落稳定性更高，可能会更有利于对虾的健康成长。 （4）应用MEN和eLSA两种网络分析方法分别筛选出一个以微绿球藻（Nannochloropsis oculata）为桥梁藻-菌互作组和一个以波吉卵囊藻（Oocystis borgei）为桥梁的藻-菌互作组。通过10d的小型室内养殖模拟实验对两个互作组中的藻与菌的关联性进行验证。NMDS和非参数多元方差分析（PERMANOVA）显示，基于不同藻类群落下培养的浮游细菌群落会随培养时间发生了演替，且不同实验组其演替方向不同，说明不同的藻类可能会促进或抑制不同细菌的生长，藻与菌之间的相互作用是具有种间特异性的。微绿球藻能显著提高其互作有益菌科Rhodobacteraceae的相对丰度（p＜0.05），同时抑制其互作有害菌目Alteromonadales（p＜0.05）。而波吉卵囊藻的藻-菌互作组未能得到验证。