论文部分内容阅读
第一部分CNC共表达注释寻找相关lncRNA目的 寻找lncRNA芯片中实验组与对照组相差较大的mRNA CYP11B2、PCP4、 VPREB3和PRRX1相关且具有表达差异的lncRNA。方法应用CNC（cod ing-non-cod ing）共表达注释的方法,以Pearson相关系数（Pearson correlation coefficient, PCC）>=0.85结果作为相互关系对,得到与mRNA CYP11B2、PCP4、VPREB3和PRRX1相关的lncRNA,再将这些lncRNA与已有lncRNA芯片中差异表达的lncRNA进行逐个比对、筛选,得到与mRNA相关且差异表达的lncRNA。结果经CNC共表达注释得到mRNA CYP11B2、PCP4、VPREB3和PRRX1分别有35条、83条、0条和10条,经与lncRNA芯片结果中差异表达的lncRNAs比对、筛选,共发现相关且同时差异表达的lncRNA为7条,分别是NR003023、 ENST00000417715、uc003zpr.2、ENST00000417262、CR605514 ENST00000503380和ENST00000512207。结论经分析,与mRNA CYP11B2、PCP4、VPREB3和PRRX1相关且差异表达的lncRNA有7条,分别为：NR003023、ENST00000417715、uc003zpr.2、 ENST00000417262、CR605514、ENST00000503380和ENST00000512207。第二部分Real-time PCR验证相关且差异表达的lncRNA目的在扩大的样本中验证前述的7个lncRNA在实验组和对照组中的表达差异是否和CNC共表达注释及lncRNA芯片的结果一致,是否依旧有统计学意义,以期发现与醛固酮瘤发病相关的lncRNA。方法分别提取实验组（26例醛固酮瘤、7例肾上腺增生结节）和对照组（19例正常肾上腺）组织的RNA,分离纯化后反转录成cDNA,制作引物；待测lncRNA经GAPDH校正后在其中进行real-time PCR验证,以p<0.05为有统计学意义。结果Real-time PCR验证结果显示：7个待验证的lncRNA中有6个,即NR003023、uc003zpr.2、ENST00000417262、CR605514、ENST00000503380和ENST00000512207在实验组和对照组中的差异与之前CNC共表达注释和lncRNA芯片中的结果一致,且具有统计学意义,而lncRNAENST00000417715在实验组和对照组中的差异与之前CNC共表达注释和lncRNA芯片中的结果一致,但不具有统计学意义。将实验组按病理类型为醛固酮瘤或肾上腺结节增生分为实验组1和实验组2,再次进行统计分析,结果与前一致。根据各样本经GAPDH校正后的数值按实验组与对照组做分布图,发现lncRNA uc003zpr.2在腺瘤和增生亚组与正常肾上腺组相差最显著。结论LncRNA NR003023、uc003zpr.2、ENST00000417262、CR605514、 ENST00000503380和ENST00000512207在实验组和对照组中的差异与之前CNC共表达注释和lncRNA芯片中的结果一致,且具有统计学意义（p<0.05）。其中lncRNA uc003zpr.2在腺瘤和增生亚组与正常肾上腺组相差最显著,很可能与原发性醛固酮增多症发病机制密切相关。