我国高等院校在内部机构设置与改革方面已经明显落后于社会的转型,论文试图通过对大学机构设置历史与现实的分析,找出我国高校在内部机构设置方面所存在的具体问题,并有针对性的提出具体的应对措施,以期能对我国高等院校尤其是地方高校的内部机构设置提供有益的启示。论文在研究的过程中,主要采用了比较的方法,包括历史与现状的纵向比较,也包括国内高校与国外大学、国内高校与港台大学等在机构设置方面的横向比较。现代大学起源于中世纪的欧洲,其中1088年创立的博洛尼亚大学被公认为“欧洲大学之母”,当时比较著名的高校还有巴黎大学、牛津大学以及剑桥大学等等,中世纪大学早期的院系一般有神学院、法学院、医学院、文学院等等,于是大学逐渐形成了以院系结构为特征的高等学府。大学在后来的发展过程中强调大学自治与学术自由,大学功能也由以前较为单纯的教育教学功能发展为现在的教育教学(人才培养)、科学研究以及社会服务等等。我国的高等教育建国后发展迅速,与港台地区以及英美等西方国家实行的一长制(校长负责制)或董事会制度不同,目前我国大陆的公办高等院校普遍实行“党委领导下的校长负责制”,在这种大学领导体制下、我国地方高校的机构设置一般包括党委组织机构、行政组织机构、教育辅助机构以及院系设置等等。通过比较可以看出,大陆高等院校内部不管是党政管理部门还是院系教学单位,他们的数量都远远多于英美、港台地区高校内设机构的数量。机构重叠、部门庞杂以及过多的管理层级,大大降低了我国高等院校的管理效率和办学效益。同时,国家对高校及其内部机构和管理人员进行的习惯性行政级别划分,也导致了地方高校行政化、官场化现象的存在,进而影响了地方高校行政权力与学术权利的平衡,甚至使学术权力成为行政权力的附庸,不利于地方高校的健康发展。针对我国地方高校内部机构设置中存在的一系列问题,论文在比较论证的基础上,分别提出了相应的对策。在高校机构设置上提出了党政分工与密切协作、不可替代、责权相称、管理层次与幅度优化、精简高效以及社会需要、学科、专业发展需要、特色等原则;在机构重叠与管理层级过多方面,提出机构合并、部门合署办公以及扁平化管理等措施;在促进学术权力(教授治学)、民主管理等方面提出分层构建学术与民主管理委员会机构体系以及构建并完善校、系(院)二级办学体系的建议。