充分理解科学本质已经成为科学素养的核心成分。同时,这一目标正在成为各国科学教育改革的主要方向。究其科学本质的源头而言,它延续了西方本体论的思维方式,同时直接受到了后现代科学哲学兴起的影响。作为一项新课程理念,科学本质进入我国科学教育改革实践中遭遇到了三重困境。就理念层面而言,基于人文立场和科学家立场的差异,形成了两种不同的科学本质观,影响了共识的形成;就制度层面而言,科学本质停留在总目标上,缺乏具体的目标做支撑;就观念层面而言,教师科学本质观的复杂现状,影响了科学本质教学向现实的转化。这表面是制度教育的困境,但其根源在于受到实用理性科学文化的影响。这种实用理性的科学文化以天人合一的自然观、直观外推的方法论、功用色彩的目的观为特征。作为一种独立的文化形态,它的存在与我国古代科学实践是相适应的。但是,当西方科学进入我国后,两种不同科学文化之间的冲突与融合一直延续到了现在。正是在现实和历史的困境下,提升教师对科学本质的理解显得尤为重要。显性取向和隐性取向都可以达成这一目标,但前者更为有效。就教学模式而言,融合模式、互动历史小故事模式等都有利于提升教师的科学本质教学能力。