当前,我国正大力推行“科技强国战略”与“创新强国战略”,高新技术企业创新效率的高低关系着高新技术产业的发展前景,对于国家的发展也至关重要。由于高新技术企业自身具有高资金需求、高风险的特点,在发展过程中往往面临着严重的融资约束问题。与此同时,高新技术企业股东与债权人、股东与经理层、大股东与普通股东之间由于信息不对称、追求利益不一致等原因,往往存在代理成本问题。如何正确识别融资约束、代理成本与高新技术企业创新效率的关系,针对它们之间的关系制定针对性措施,提升高新技术企业创新效率,推动高新技术企业发展,为国家经济赋能非常重要。本文以我国上市高新技术企业为初选样本,经过数据筛选,选择出1843家企业,组成2015-2020年6年的平衡面板数据。首先,通过DEA模型计算出创新效率值,运用固定效应模型,研究高新技术企业融资约束对企业创新效率的影响以及代理成本对企业创新效率的影响,其次本文通过分析代理成本与融资约束之间的交互作用,研究代理成本能否缓解融资约束对企业创新效率的制约作用,借此希望通过改善融资约束和代理成本问题,为提高高新技术企业的创新效率提出建议,从而促进高新技术企业创新能力的持续提高。本文的研究结果表明:第一,融资约束程度的提升会抑制高新技术企业的创新效率;第二,代理成本的提升会抑制高新技术企业的创新效率;第三,随着代理成本问题的缓解,融资约束对创新效率的抑制作用会降低;第四,考察区域异质性,将我国分成东部、中部、西部,每个地区子样本数据得到的结论与全样本数据得到的结论相同,但中部和西部地区多数解释变量和控制变量不显著,不存在相关关系;第五,考察企业规模异质性,将全部企业按照企业规模大小分成大规模企业和小规模企业,子样本数据与全样本数据得到的结论也相同。但小规模高新技术企业许多变量存在不显著现象;最后,剔除国有企业后将非国有企业作为一个子样本进行稳健性检验,研究结论不变。说明本文实证结论具有很强的说服力。最后,根据本文的研究结论提出针对性建议:政府缓解高新技术企业融资约束,拓宽其融资渠道;金融机构提高服务质量,创新信贷产品;高新技术企业加强管理与建设,坚定不移持续创新。