蛋白质是生物体正常工作运行中的不可或缺的重要物质。相互作用网络是生物信息学的一项重要应用，有很重要的现实意义。通过比对不同生物体的蛋白质相互作用网络可以得到不同物种同源性的关系，蛋白质相互作用网络中的功能模块关系预测，这些都是目前可以实现的应用；对病变的蛋白质相互作用网络进行比对，得到病变的功能模块，这方面的应用是未来期望达到的一种更加有现实意义的应用。本文优化的蛋白质相互作用网络比对算法Tolop是一种比对两个蛋白质相互作用网络的拓扑结构的比对算法。Tolop算法依据特定的子网络对两个网络的节点进行打分判定，将聚类系数作为判定网络中节点相似的重要网络参数。现有的比对算法都是应用网络中的度数(d)作为评判节点相似性的网络参数，这也是本文Tolop算法对现有的蛋白质相互作用网络比对算法的优化。现有的一些蛋白质相互作用网络比对算法的数据源是蛋白质相互作用关系数据和其它数据信息，例如蛋白质的序列比对结果数据和相应物种的基因数据，本文所采用的Tolop算法的数据源只是蛋白质相互作用的关系数据。经过实验证明，Tolop算法在识别比对网络模块的方面与其它的算法比较有很好的效果，在边缘正确率等方面都优于其它的比对算法，充分证明聚类系数在蛋白质相互作用网络比对应用中效果十分优越。蛋白质相互作用网络的比对方法是当前热门的研究领域之一，它的快速发展必然带动更多优秀的蛋白质相互作用网络比对算法的产生，本文的算法是蛋白质相互作用网络比对应用的基础，通过后续研究可以将本算法的比对方法和其它数据的比对算法进行叠加运算从而获得更有意义的结果。