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目的了解重庆地区手足口病流行病学、病原学特征及其变迁，为该病进一步的防治工作及疫苗的研发提供依据。方法采用描述性流行病学方法对2010-2013年4年间重庆医科大学附属儿童医院接诊的34841例手足口病进行分析，并对收集到的830例住院病例临床粪便样本进行病原学检测，用特异性引物通过巣式RT-PCR方法进行病毒VP1段扩增及测序，构建系统进化树，分析其病原分子生物学特征。结果1．2010-2013年重庆地区手足口病每年存在4-7月和10-12月两个流行高峰。2010-2011年以春末和夏季为主，分别占全年病例总数的56.02%和53.87%；2012-2013年以冬季为主，分别占42.91%和40.53%。5岁以下占总病例的94.27%，男女性格比例为1.60:1，发病人群主要以散居儿童（60.1%）和幼托儿童（37.34%）为主。2．830例住院病例临床粪便标本中，①检出肠道病毒785例，其中EV71感染58.47%（459/785）、CA16感染18.09%（142/785）、CA10感染3.18%（25/785）例、CA6感染占8.79%（69/785）及其他肠道病毒感染占8.79%（69/785）例，重叠感染占2.68%（21/785）。②每年第二季度EV71感染病例所占比例最大，而其他季度EV71比例下降、柯萨奇病毒比例上升。在柯萨奇病毒中2010年以CA16为主，2012年和2013年则主要以CA6为主。③每年均以EV71感染为主，CA16感染从2010年的31.23%降至2013年的4.67%，CA6感染比例从2010年的2.11%升至2013年的16.36%。④重症病例中，EV71感染为主占74%（66.15%-82.22%），而CA16呈逐年减少趋势（从2010年21.35%降至2013年2.22%）；普通病例中，EV71感染为31.23%，CA16感染从2010年的51.81%下降至2013年的8.86%，而CA6感染比例从2010年的4.30上升至2013年的35.44%。⑤重症和普通型病例的病原谱中，随着年龄的增加EV71比例增加，而柯萨奇病毒所致比例减少。3．分子流行病学显示：EV71病毒株均为C4a亚型，与中国大陆其他地区代表株同源性高，同时存在三个流行分支；CA16病毒均为B1亚型，B1a和B1b两个分支交替流行，CA6和CA10分离株与西班牙、芬兰等地近年来的代表株同源性高。结论2010-2013重庆地区手足口病具有季节分布特征明显，每年存在两个发病高峰，2010-2011年以春夏交季为主，2012-2013以冬季为主，发病人群主要为散居和幼托儿童，5岁以下发病率最高，男性患儿比例高于女性患儿。感染病原主要为为EV71、CA16、CA6、CA10，不同时期和季节其病原谱构成存在差异，EV71主要以夏季感染为主，柯萨奇病毒主要以冬季感染为主；CA16感染比例下降，CA6感染比例上升。手足口病重症病例中，以EV71感染为主，普通型病例中EV71和CA16共同流行。分子进化分析显示，重庆地区分离到的EV71主要为C4a亚型。CA16病毒均为B1亚型，存在B1a和B1b交替流行趋势。CA10和CA6与世界其他地区代表株可能来源于同一原始株。