扁蓿豆(Medicago ruthenica)是豆科(Leguminosae)苜蓿属(Medicago L.)植物。在我国分布广泛,具有生态适应性广、耐贫瘠、抗寒、抗旱和营养价值较高的特点。在改良草场,建立人工草地,防治水土流失等方面起了很大的作用。本研究从形态、染色体和DNA水平分析了内蒙古地区的50份野生扁蓿豆种质资源的遗传多样性,以其为合理利用及遗传育种提供依据。主要研究结果如下:(1)表型水平多样性研究结果扁蓿豆种质资源的13个表型性状和8个农艺性状,在不同种质间均表现出显著或极显著差异。21个表型特性的变异系数变化范围分布在4.90%～90.96%之间。遗传多样性指数差异较大,处于0.62～2.07之间,其中表型性状的多样性指数高于农艺性状。相关分析表明,各性状间均有不同程度的相关性,部分性状间呈显著或极显著相关。主成分分析显示,中间小叶宽度、中间小叶面积、单枝花序数、花序结荚数、荚果形状、生长速度、千粒重和干草产量等性状是引起扁蓿豆种质表型变异的主要性状。聚类分析显示,地理来源相同或相似的种质大部分聚在一起。(2)染色体水平多样性研究结果经染色体分析显示,选取的具代表性的4份野生扁蓿豆种质,染色体数目恒定,都是二倍体(2n=16)。染色体长度在1～4μm之间,属于小染色体,存在核型多型性。两份扁蓿豆种质的核型为1B,是最对称的核型,应属原始的类型;另两份扁蓿豆种质的核型为1A,是较进化的类型。(3)DNA水平遗传多样性研究结果采用SSR分子标记法,从DNA水平上检测扁蓿豆种质资源的遗传多样性,检测结果表明,18对引物在50份扁蓿豆种质中共检测出136条清晰可辨的谱带,其中109条谱带具有多态性,多态比率为80.09%,18对引物平均有效等位基因数为1.5006,平均基因多样性指数为0.2223,多态信息含量PIC平均为0.3236;50份扁蓿豆种质基因分化系数为0.5264,表明不同种质间遗传变异大,遗传多样性丰富。不同地区间的扁蓿豆种质资源遗传多样性指数有明显差异。聚类分析可把50份扁蓿豆种质资源分为8类,从材料的地理分布来看,具有相同或相似地理来源的材料基本上能较为集中地聚在一起。(4)表型性状变异大于SSR分子标记的DNA变异。