随着经济的不断发展，改革的不断深入，我国政府部门内部治理问题也受到了广泛关注。加强公共治理，实现“善治”是深化政府行政体制改革的必然要求。在公共治理环境下，建设服务型政府，必须完善政府部门内部控制机制，实现政府决策、执行和监督职能相对分离、相互制约。因此，进行政府部门内部审计建设就显得非常重要。然而，在理论上，我国对政府部门内部审计的研究还处于萌芽阶段，这在很大程度上制约了我国政府部门内部审计的发展。有鉴于此，进行公共治理环境下的政府部门内部审计研究，具有十分重要的意义。本文基于以下几个方面进行研究：首先从公共治理、政府部门内部审计的概念入手，阐述政府部门内部审计与公共治理的关系以及公共治理环境对政府部门内部审计的影响。其次，结合我国政府部门内部审计的现状，分析存在的主要问题。在此基础上，构建了公共治理环境下的政府部门内部审计的新模式，通过对政府部门内部审计的目标、组织体系、职能、提供服务的方式等的阐述，揭示了在公共治理环境下政府部门内部审计的特征，也为我国政府部门内部审计的发展指明了方向。并且阐述了政府部门内部审计发挥作用的三个途径:第一，评价组织治理的有效性，为政府部门提供决策依据；第二，开展风险管理审计，发挥风险预警作用；第三，开展政府内部控制审计，实现控制自我评价。最后，提出我国在公共治理环境下建立政府部门内部审计的保障措施，为各级政府部门建立内部审计提供理论依据。