中国汉族人群原发免疫性血小板减少症的全基因组关联研究

来源 :南昌大学医学院 南昌大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lygzzm
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背景:原发免疫性血小板减少症(primary immune thrombocytopenia,ITP)是一种原因不明的、以血小板减少为特征的自身免疫性疾病。我国成人ITP的年发病率约为(5~10)/10万,女性患者明显多于男性。近年来,研究表明ITP可能由免疫、多重微效基因和环境因素共同导致,但其发病机制仍然不清。迄今为止,研究者采用候选基因法发现50种与ITP显著关联的候选基因,但这些基因仅能解释小部分ITP的遗传发病机制。虽然国内外研究者在ITP的遗传学发病机制方面已取得一定的成果,但是目前尚未有研究采用全基因组关联分析(genome-wide associated study,GWAS)策略对ITP进行遗传易感性分析,而本实验将弥补这一空白。目的:本研究选取中国汉族ITP患者为研究对象,应用GWAS策略寻找ITP可靠的易感位点,并验证最显著的易感位点与ITP的关联性,以期进一步丰富ITP的遗传学发病机制。方法:采用病例-对照研究方法,收集200例ITP患者和200例与病例组年龄、性别、种族相匹配的对照者。提取所有受试者外周静脉抗凝血的全基因组DNA,构建DNA混合池。利用Illumina Human OmniZhonghua-8基因芯片对DNA混合池行单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)检测,运用生物信息学方法筛选显著差异的SNPs,应用TaqMan探针法验证这些显著SNPs与ITP的关联性,并结合基因富集分析初步探讨其生物学功能。结果:(1)人类全基因组芯片筛选出860,720个SNPs,经Bonferroni法校正显示4个SNPs(rs117503120、rs5998634、rs4483616和rs16866133)达到本次GWAS的显著性差异阈值(P <5.8×10-8),与之匹配的基因为GBE1-LOC728290、ODZ4、SYN3-TIMP3、RBM45-OSBPL6;(2)TaqMan探针法验证结果显示rs5998634位点对ITP的发病起风险作用,而rs117503120和rs16866133对ITP的发病起保护作用;(3)以P <10-5为阈值选取287个基因进行基因富集分析,结果显示3条重要的信号通路(Pathway in cancer、JAK-STATsignaling pathway和Neuroactive ligand-receptor interaction)参与ITP的发病机制。结论:本研究首次对ITP进行两阶段的GWAS,成功鉴定出4个可靠的ITP易感位点,发现3条重要信号通路参与ITP的发病过程,为探讨ITP病因学机制探讨提供新的理论指导。
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