菠萝 (Ananas comosus (L.)Merr.），又称凤梨，是仅次于香蕉、芒果的世界第三大热带水果。我国的菠萝种植面积和产量均居世界前列，但却缺乏菠萝病虫害的系统的调查和研究，而对作为主要菠萝病害之一的菠萝病毒病的调查和研究更是鲜见报道，这严重制约了我国菠萝种植业的发展。本研究的主要内容是调查研究我国主要菠萝种植区（广东、广西、海南）菠萝病毒病的种类及为害情况，为我国菠萝病毒病防控提供理论依据。其主要研究结果如下。　　 菠萝凋萎病(Mealybug wilt of pineapple，MWP)是广泛存在于菠萝种植区的毁灭性病毒病害。从田间调查发现，我国大部分地区田间植株表现出凋萎症状，并发现大量与该病相关的粉蚧和蚂蚁。未发现己报道的菠萝黄斑病和菠萝褪绿叶线条病的相关症状。　　 为了获得较高的总DNA和总RNA提取质量，本文比较了5种DNA提取方法和4种RNA提取方法。结果表明，采用改进的SDS法I，用KAc减少菠萝组织的多糖污染，只作一次抽提，大大减轻了实验工作量和操作过程中样品出样交叉污染的可能性；对于像Southern blot这样对杂交模板的产量和质量要求都比较高的试验，则采用改进的SDS法II。而菠萝总RNA的提取方法，经过综合比较，采用U晶RRNA Reagent法最合适。　　 以采自三地的样品分别提取总DNA和总RNA为模板，分别设计了现已报道的13种菠萝病毒的PCR扩增引物，进行PCR扩增和分子鉴定，建立了不同病毒的特异PCR和RT-PCR检测体系，证实我国存在菠萝凋萎伴随病毒1号2号和3号(PineappleMealybug Wilt associate virus-1,2,3,PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3)、菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus，PBCoV)、菠萝转座病毒(Ananasmetavirus，AMtV)和菠萝内源类反转病毒(endogenous Pineapple pararetrovirus-1，ePPRV-1)，阳性率分别为96.9％、86.6％、82.7％、68.5％、89.0％和89.8％。从检测数据看，我国菠萝广泛受这6种病毒侵染，且不同病毒的复合侵染现象在各地区非常普遍。鉴于PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3普遍存在于菠萝种植区，建立了一个多重检测体系同时检测PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3用于快速检测病毒侵染情况。　　 采用了反向PCR及分段PCR扩增克隆方法两种方法，获得了PBCoV的基因组全序列。经序列分析发现PBCoV PBCoV基因组为环状结构，全长7543bp;含有3个典型的ORFs，推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6 kD; ORF3含有几个与Badnavirus ORF3编码的多聚蛋白一致高度保守基序，分别为天冬氨酸蛋白酶(Aspartic protease，AP)、反转录酶（Reverse transcriptase，RT）、RNA酶H（Ribonuclease H，RNase H），还含有几个与已报道的Badnavirus一致的较为保守的基序，分别为运动蛋白区(Movement protein domain，MP)、富含半光氨酸的锌指状的RNA结合区(Cysteine-rich zinc finger-like RNA-binding region，RB)、第二个富含半光氨酸区(Second cystein-rich region，2nd CR)。其基因组与GenBank登录的PBCoVORF3部分核苷酸序列同源性91％～98％，ORF3编码的氨基酸序列与已报道的其它Badnavirus病毒ORF3氨基酸序列间一致率小于50.8％。Southem blot分析显示该病毒基因组能整合到植物基因组中。PBCoV基因组结构分析以及基因组序列与其它Badnavirus基因组序列的比较分析说明PBCoV是一种Badnavirus病毒。这是PBCoV基因组全序列的首次报道。