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山茉萸为山茱萸科(cornaceae)植物山茉萸(Cornus officinalis SiebZucc)除去果核的干燥成熟果肉，具有补益肝肾、涩精固脱等功效，主要用于眩晕耳鸣、腰膝酸痛等，为当前大力发展的中药材之一。现代研究证明山茱萸具有较好的调节免疫系统功能和显著的降血糖作用，因此中医临床用量较大；同时作为常用中成药(如六味地黄丸等)原料，中药生产用量也很大，主产于我国河南、陕西和浙江等省。我国学者根据山茉萸不同栽培品种果实的形状、大小、重量、颜色等对种内性状变异、类型划分进行了初步研究，分为椭圆形果型、长圆柱形果型、圆柱形果型、短圆柱形果型、长梨形果型、短梨形果型。国内外对山茱萸的研究主要集中对其化学成分及药理作用的研究，但没有变异类型在cpDNA方面的深入研究，不利于山茱萸种质资源的保护和开发利用，本实验室己在DNA分子水平上建立了山茱萸各品种的RAPD指纹数据库并成功获得了山茉萸及其不同栽培品种的特异SCAR标记，还获得了山茱萸ITS完全序列。
叶绿体DNA种内的多态性对以叶绿体DNA为基础的系统发育关系的建立有影响，特别对等级较低的分类单位(如种的水平)系统演化关系的建立影响特别显著，不了解叶绿体DNA种内差异是会得到不可靠的系统演化关系的。高等植物叶绿体DNA的保守性并非是绝对的，在较多类群里都有不同程度的叶绿体DNA种内变异。因此，对cpDNA种内变异的正确估计或了解是非常重要的。本实验收集了河南、陕西等主产地山茉萸各品种的标本共130份，提取其叶绿体DNA，并进行RAPD分析，主要结果如下：
1.在常规的叶绿体DNA提取方法的基础上，对提取条件进行了改进，该法从山茉萸叶片中提取的叶绿体DNA收率为351 μ g/ml～2049μ g/ml，经过琼脂糖电泳检测，紫外吸收检测表明，提取的总DNA杂质少且APD扩增效果良好。
2.对RAPD扩增反应体系和温度循环参数进行了优化：(1)反应体系：25 μ l反应体系，其中10×bufer2.5μ1，Dntp(2.5mmol/L)3.0μ1，Mg2+(25 mmool/L)3.0 μ1，引物(2μmol/L)3.0 μ 1，模板DNA(0.351 μ g/μ 1～2.049 μg/μ1)3.0μ1，Taq酶(5U/μ1)1μ1，去离子水9.5 μ1l。扩增产物在l×TAE的电泳缓冲液中用1.2％琼脂糖凝胶电泳，电压为每厘米3.4伏，电泳完毕用0.5 μg/ml的EB染色，拍照。
(2)扩增程序：94℃预变性5 min，变性94℃，1 min；退火35℃，1 min；延伸72℃，1 min；72℃5 mi。Ll补齐。其中变性94℃到退火35℃的降温速度延长l min，退火35℃到延伸72℃的升温速度延长1min，共35个循环。
3.从100条上海生工S系列随机引物和实验室以前合成的W系列引物中筛选出15条扩增好，多态性稳定的引物。将这些引物用于130份材料的扩增，扩增片段大小为200 bp～2000 bp。从1 5个引物产生的谱带中共获得57个位点，其中40个位点具有多态性，多态率达到70.18％，说明样品具有很好的遗传多样性。
本实验以各样本间的遗传距离为聚类统计变量，采用SPSS16.0软件计算DICE遗传相似性系数，Between—groups Linkage方法聚类构建亲缘关系树系图。由聚类图可以看到，纺锤形果型自成一类，其次是圆柱形果型和短圆柱形果型聚成一类，与另外几种果型的亲缘关系最远。长梨形果型和短梨形果型亲缘关系较近，并且与亲缘关系最近的长圆柱形果型和椭圆形果型聚成一类。从树状图也可以看出各栽培品种之间的遗传关系，长圆柱形果型和椭圆形果型首先聚在一起，其次长梨形果型和短梨形果型聚在一起，接着这两类合二为一，后与纺锤形果型合并，之后圆柱形果型和短圆柱形果型聚在一起，晟终和其他果型聚为一大类。实验结果为山茉萸按照不同果型的分类提供了cpDNA分子水平的依据。
4.从RAPD中筛选特异性的条带进行回收、克隆、测序，如ST479，根据测得的序列，用Primer Premierer(V5.0)设计了5对SCAR特异性引物，经过筛选得到结果的引物一共2对。用筛选出来的引物对山茱萸不同栽培品种及其同科植物、混伪品材料进行扩增，经过反复摸索实验条件得到几条引物通用的PCR．反应体系：(1)50 μ 1反应体系：其中10×PCR buffer5.0 μ 1，Dntp(2.5mM)6.0 μ 1，Mg2+(25：Mm)6.0 μ 1，引物(10 u M)各3.0 μ1，模板DNA 6.0 μ 1，Taq酶(5U/μ 1)2.5 μ 1，去离子水17.5μ1。扩增产物在1×TAE电泳缓冲液中用1.5％琼脂糖凝胶电泳，电泳完毕用0.5 μ g/ml的EB染色，拍照。(2)扩增程序：94℃预变性8 min，变性94℃，1 min：复性45℃(ST479C)或55℃(ST479E)，1 min；延伸72℃，1.5 min；40个循环，72℃10 min补齐。
本实验结果显示：根据特异性条带ST479序列设计的SCAR引物ST479C对山茉萸及山楂、葡萄和株术样本的cpDNA进行SCAR．扩增(图31)，山茉萸扩增产生单一的谱带，而山楂、葡萄和株木则产生二至四条谱带，可以做为鉴别山茱萸的依据：根据特异性条带ST479序列设计的SCAR引物ST4。79E对7个山茉萸品种及株木、四照花、葡萄、山楂样本的cpDNA进行SCAR扩增(图32)，发现7个山茉萸品种均能产生单一的PCR产物，而且谱带的大小与原始的RAPD标记基本一致，由胶图可见山茱萸和株木、四照花、葡萄、山楂产生的谱带截然不同，说明可以运用ST479E进行山茱萸及其混淆品的鉴别研究。