【摘 要】
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大规模原子分子动力学模拟能够详细的分析过渡态、动力学中间体和所研究的特定序列的多重折叠路径。但是,分子动力学模拟和蒙特卡罗模拟方法在RNA序列折叠模拟过程中构象取样
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大规模原子分子动力学模拟能够详细的分析过渡态、动力学中间体和所研究的特定序列的多重折叠路径。但是,分子动力学模拟和蒙特卡罗模拟方法在RNA序列折叠模拟过程中构象取样不完整,无法给出长时间稳定的动力学预测分析结果。为了解决以上问题,我们利用主方程和转换节点近似方法理论性的研究了革兰氏阳性细菌枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中lysC核糖开关在存在/不存在配体Lys时的共转录折叠行为,得到了lysC核糖开关调控机制和特性的完整全面的物理图像。B.Subtilis lysC基因的5’-UTR携带一个保守的RNA基序,作为Lys感应核糖开关,调节胞内Lys敏感的天冬氨酸激酶II(AK)的基因表达。我们利用主方程和转换节点近似方法理论性的研究了G~+菌B.subtilis中lysC核糖开关在存在/不存在配体Lys时的共转录折叠行为,得到了lysC核糖开关的调控机制。我们研究发现,存在配体Lys时,配体Lys与配体诱导口袋结合形成终止子发夹,引起转录衰减。Lys浓度较低时,lysC核糖开关的终止效率随转录速度的增加而降低,相反,Lys浓度升高,转录速度的增加会导致lysC核糖开关的终止效率升高。lysC核糖开关受热力学和动力学机制组合调节。
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