生物振子的反馈结构和鲁棒性研究

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本文对生物振子的反馈结构和鲁棒性进行了研究。大量细胞行为展示出周期振荡,且生物振荡在免疫系统、细胞生长/凋亡和胚胎发育中发挥了重要作用。近年来研究证实几乎所有的生物振子都具有多个相互作用的反馈环路构成的复杂结构。以前的研究主要集中于简单振子网络模块,对于实际模式生物中存在的较为复杂的振子网络目前仍缺乏深入研究。这些细胞内的震荡都是由基因,蛋白质和其他生物分子构成的复杂生物网络产生。在大部分情形,鲁棒的震荡表现对组织功能至关重要,即在内外扰动下细胞保持震荡功能。理解基因型和显性之间的关系对于系统生物学来说是一个重要的挑战。一个有意义但尚未解决的问题细胞选择特定的网络结构而排斥可以产生相同的功能的其他网路结构。我们研究拓扑等价的两个耦合正负反馈环路,即NAT和ALT环路。在生物合理的并且支持震荡的参数空间里,通过大规模参数采样发现NAT表现出更强的全局鲁棒性。我们的结果给予这类生物振子进化选择给出一种合理的解释。接着,我们研究了蛋白质聚合而产生的后翻译调控对于生物振荡的影响。我们以三种变种压制振动子为例,我们发现聚合反应对于振荡的区域,振幅和周期都产生显著地影响。利用线性噪声逼近的方法我们振荡幅度和频率噪声理论估计,结果显示聚合产生不同的影响特征。最后,我们研究许多振子出现的正反馈调控部件。研究从单个环路类,两环路类到三环路类,每一类都是有双正反馈(DPFL)或双负反馈(DNFL)构成。通过大规模参数采样和鲁棒性分析,我们发现同质DPFL产生最为鲁棒的双稳行为。
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