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世界上现有23种鳄，分为三个科:短吻鳄科 Alligatoridae、鳄科Crocodylidae、长吻鳄科Gavialidae。扬子鳄(Alligator sinensis)属短吻鳄科，为中国特有的淡水鳄，是最濒危的鳄种之一。为了更好地拯救这一濒危物种，我国于1970s分别建立了迁地保护的安徽宣城扬子鳄繁殖研究中心和就地保护的浙江长兴（尹家边）扬子鳄保护区。长兴扬子鳄保护区的奠基者仅有11条，目前种群数量有4000余条，但近亲繁殖严重，遗传多样性很低。由于长兴扬子鳄为半野生饲养，同一繁殖池内的雌雄个体可自由选择配偶进行交配，子代与亲本间的亲缘关系较为复杂。 基于已经完成的扬子鳄基因组测序及从中挖掘到的大量微卫星标记，本文从2-5碱基重复的微卫星标记中各选用了10个微卫星标记对长兴扬子鳄保护区成年鳄进行群体检测。所选用的40对微卫星引物中，有3对引物出现非特异性扩增，1对引物出现不稳定扩增，3对引物呈现单态分型结果，剩余的33对引物产物扩增稳定，多态分型效果优良，整套标记具备很高的分辨能力。基于本实验室对长兴扬子鳄的野外行为观察及个体芯片探测工作，作者从33个多态微卫星标记中又筛选出13个多态性较高的微卫星位点，组成了一套适合长兴扬子鳄种群亲子鉴定的经济型标记，微卫星位点分别是CXA-4，CXA-6，CXA-9，CXA-34, CXA-35, CXA-37, CXA-39, CXA-41, CXA-43, CXA-135, CXA-136,CXA-138，CXA-142。本研究的主要结果如下: (1)33个微卫星标记，各位点的等位基因数目(number of alleles，Na)为2或3，平均等位基因数为2.330;平均期望杂合度（expected heterozygosity，HE）为0.346，平均观察杂合度(observed heterozygosity，Ho)为0.330;各位点的多态信息含量（polymorphism information content，PIC）为0.020-0.585，平均PIC为0.290。 (2)33个微卫星位点的单位点个体识别概率为4.1％-81.0％，整套标记的累积个体识别概率为100％;33个微卫星位点在一方亲本信息已知时，其累积亲子鉴定概率为99.7％，在双方亲本信息均未知时，其累积亲权鉴定概率为92.1％。 (3)13个微卫星位点的平均Na为2.380，平均HE为0.476，平均Ho为0.498;各位点的PIC为0.276-0.585，平均PIC为0.388，其中CXA-34位点具有最高的多态性(PIC=0.585)，其余位点均呈现中度多态性(0.25＜ PIC＜0.5)。 (4)13个微卫星位点的单位点个体识别概率为48.4％-81.0％，整套经济型标记的累积个体识别概率为100％;13个微卫星位点在一方亲本信息已知时（比如探测到芯片号对应的个体），其累积亲子鉴定概率为95.5％;当双方亲本信息均已知时，其累积亲子鉴定概率为99.4％，累积同胞识别概率为99.8％。 (5)用这13个微卫星标记对长兴扬子鳄保护区三个繁殖池中的5窝子代进行亲子鉴定，在成功鉴定真正父亲的同时，证实了扬子鳄的交配制度是多配偶制，验证了该套分子标记的有效适用性。 (6)利用13个微卫星标记对安徽扬子鳄种群和美国回归扬子鳄种群进行了多态性检测，各位点的PIC分别为0.163-0.531和0-0.570，与长兴扬子鳄种群PIC参数一致，均是CXA-34位点呈现最高的多态性。 (7)利用13对微卫星引物对密西西比鳄及湾鳄进行了跨物种扩增，结果表明扩增成功率分别为100％和54.0％，支持扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系更近。 综上所述，本研究所选用的33个微卫星位点，其累积个体识别能力和亲子、亲权鉴定概率都达较高水平，具有较强的分辨能力。从中筛选的13个较高多态性的微卫星位点可经济、快速、正确地用于长兴扬子鳄种群的亲子鉴定，有助于对各繁殖池进行家族谱系重建和信息完善，从而制定科学的管理方案指导扬子鳄的后期保护工作。