事业单位是国家经济建设、社会运行的重要机构,科研事业单位在我国科技研发领域有着举足轻重的地位,备案制科研事业单位作为科研类机构的重要组成之一,此类单位的运行效率直接影响国家科教文卫等民生行业的平稳运行及长远发展。内部控制作为保障组织权力规范、组织运行高效、组织目标实现的有效手段,它不仅能够提高单位公共服务效率,还能监督并制约权力。因此,可以通过对备案制科研事业单位内部控制的优化来提高单位科研产出并保证单位的高质量发展。由于备案制科研事业单位采用企业会计准则,故而需要采用符合此类单位性质又区别于传统企业内部控制的手段来提高单位效率。以A研究院为案例,采用文献研读、实地调研、案例分析等研究方法对备案制科研事业单位内部控制问题进行研究。首先对相关研究进行了文献梳理,发现针对企业和行政事业单位的内部控制已经取得了较为丰富的研究成果,但针对备案制科研事业单位内部控制的研究成果还鲜有报道。然后介绍了论文研究的相关理论,并对有关概念进行了界定,通过对比研究,在经费来源、员工招聘方式、单位输出产品以及内部控制目标等方面,分析了备案制科研事业单位与一般行政事业单位之间存在差异。在此基础上,深入分析了A研究院的内部控制现状,并提出其存在职员工内控意识淡薄、风险评估机制不完善、流程控制不严格、研究院内部沟通不畅、内部控制执行监督不利等问题。最后基于COSO框架的五要素,并结合A研究院的管理业务,提出了完善该单位内部控制体系的优化方案及其保障实施的相关对策建议。论文研究不仅解决了A研究院的内部控制问题,同时也对完善我国备案制科研事业单位内部控制体系提供了参考价值。