母体血浆游离DNA分子浓度及片段完整性的分析

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背景当今,随着社会的发展和医疗水平的突飞猛进,传统的感染性疾病或传染性疾病已得到广泛的控制和消灭,取而代之,出生缺陷却逐渐成为婴儿死亡的主要原因。中国是全球新生儿出生缺陷的高发国家,每一个出生缺陷的婴儿对家庭和社会都造成了极大的经济和精神负担,并严重影响婴儿日后的生活质量。我国已将“控制人口数量,提高人口素质”作为基本国策,而控制出生缺陷则是提高人口质量的根本举措。产前检查是控制出生缺陷的重要途径。产前检查根据取材方法的不同分为有创和无创两类。传统的产前检查技术包括羊膜腔穿刺、绒毛取样以及脐带取血等,这些有创操作对孕妇和胎儿都可能造成潜在的危险,如流产、感染等,且易受多种因素干扰,影响其检测指标的准确性。因此临床上亟需一种安全、可靠、简便的无创性产前检查(noninvasive prenatal diagnosis,NPD)技术。Lo等于1997年在经B超确定怀男性胎儿的孕妇血浆中检查出Y染色体特异性序列,在怀孕后7周便可检测到,且胎儿DNA浓度随着孕周的增加而增加,由此为无创性产前检查提供的新的思路,取得了本质的突破。迄今,胎儿游离DNA已成功用于检测胎儿染色体非整倍体、RhD基因分型、β地中海贫血等出生缺陷性疾病。尽管如此,由于强大的母源性背景的存在影响了这些检测的灵敏性和特异性,使得胎儿基因位点的相关检测很难实现,如点突变、胎儿非整倍体检测等。基于此,本文探索孕妇血浆中母体和胎儿游离DNA(cell-free fetalDNA,cf-fDNA)分子之间是否存在物理差异,包括片段浓度和完整性差异,以便为胎儿游离DNA的富集和标志物的选择提供一定依据。本实验选择位于人类7号染色体的leptin基因和Y染色体的SRY基因的不同分子片段进行研究。Leptin基因在人体所有细胞中都有表达,代表孕妇血浆中母体和胎儿总游离DNA的分子片段分布;而SRY基因只在男性胎儿中表达,代表母体血浆中胎儿游离DNA分子片段分布。其中,leptin基因和SRY基因的扩增片段长度为80bp、202bp和83bp、206bp。目的:研究母体血浆游离DNA(包括母体和胎儿)的分子生物学特性的差异,包括片段完整性和浓度的差异,为胎儿游离DNA的富集方法提供理论依据,也为开展各种出生缺陷性疾病的预警奠定了重要的工作基础。方法:1.以正常男性DNA为模板,通过温度梯度PCR和SYBR Green荧光定量PCR(quantitative fluorescence-PCR,QF-PCR)技术确定leptin基因和SRY基因的最佳引物对。并且以三名健康男性的白细胞(white blood cell,WBC)DNA为标准品,绘制标准曲线图。2.随机选取42例门诊妊娠16-20周的孕妇为研究组,同一时间随机选取在体检中心进行体检的未孕女性40例也纳入实验。建立800ul母体血浆DNA的标准抽提方法,并用于提取孕妇和未孕女性的血浆DNA,并按照之前摸索的最佳条件进行荧光定量PCR。3.计算妊娠组胎儿DNA SRY基因以及妊娠组和对照组leptin基因的DNA浓度定量结果。并利用SPSS18.0统计软件分析比较妊娠组和对照组靶基因DNA分子片段和浓度的完整性差异,数据间比较用秩和检验(Mann-Whitney test)。结果:1.妊娠组和对照组的leptin-80bp片段长度的DNA浓度平均值分别为681(279-1680)copies/ml、429(123-923)copies/ml,中位数为608copies/ml、383copies/ml,p=0.001<0.01;在202bp片段长度的DNA浓度平均值分别为157(38-826)copies/ml、91(29-182)copies/ml,中位数为134copies/ml、85copies/ml,p=0.001<0.01,可见均有显著性差异。妊娠组leptin基因202bp和80bp片段的DNA浓度的平均值分别为157copies/ml和681copies/ml,p=0.000<0.01,也表明有统计学差异。而妊娠组和对照组的相对浓度分数平均值均为24%,中位数分别为21%和22%,结果表明无显著性差异。2.妊娠组胎儿DNA SRY基因在83bp和206bp的DNA浓度平均值分别为94(38-369)copies/ml和80(71-88)copies/ml,中位数分别为77copies/ml和79copies/ml。分别将其与妊娠组leptin基因的80bp和202bp相应片段比较,结果显示,扩增片段长度为SRY-83bp和leptin-80bp的p=0.000<0.01有统计学差异,而扩增片段长度为SRY-206bp和leptin-202bp的p=0.059>0.01,无统计学差异。23例男性胎儿中,SRY基因83bp扩增阳性例数为20例,检出率为87%,SRY基因206bp的阳性例数为9例,检出率为39%,明显低于扩增片段83bp的检出率。结论:1.妊娠女性血浆的游离DNA分子浓度显著高于非妊娠健康女性的游离DNA分子的相应浓度,妊娠母体血浆游离总DNA片段大小主要集中于100bp左右,如果要研发基于妊娠母体游离DNA的无创性产前分子诊断技术,需要将PCR扩增片段控制在100bp以内,才能得到更为准确的检测结果,有效地避免大片段扩增可能导致的假阴性结果。2.妊娠组女性leptin基因和SRY基因比较,leptin基因的两个扩增片段DNA分子的浓度都明显高于SRY基因相应片段的DNA浓度,表明妊娠后母体血浆游离DNA分子远多于胎儿游离DNA分子,是血浆总游离DNA分子的主要部分。3.通过分析13例异常未孕女性,结果显示其血浆游离DNA分子浓度均高于未孕健康女性。因此,研究血浆游离DNA分子特性不仅对孕妇的产前检查,对其他疾病的早期发现也有一定的提示作用。4.本实验通过对母体和胎儿游离DNA分子浓度和片段完整性的初步分析,为后期实验得到准确数据提供最基本的参数,也是后续实验需要的最基本的实验依据。
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