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本研究针对甜瓜种质中对甜瓜糖度以及甜瓜抗病育种的需求,利用甜瓜高糖材料自交系X25R、自交系M157R和低糖材料自交系JSR作为亲本构建F2群体,研究甜瓜控制糖度基因的遗传规律和基因定位;以抗细菌性果斑病甜瓜品种MR-1和易感果斑病新疆地方种伽师瓜为亲本构建F2群体,研究MR-1中细菌性果斑病抗性遗传规律及基因定位。利用安农二号和哈密瓜K413重组自交系,开展农艺性状定位研究;以自交系X25、自交系JSR、自交系M157R、MH代换系材料为亲本构建F2群体,进行分子标记辅助选择（MAS）,在分子水平上对果斑病及白粉病进行抗病育种。本研究为后续利用抗性品种和高糖品种进行品种改良以及利用分子标记辅助选择进行育种提供理论依据。主要研究结果如下:（1）利用F2分离群体对控制糖度的基因进行定位分析,在LG IV、LG X和LG XI上检测出表型和基因型之间具有显著性差异的位点,不同群体间位点不同。分别为:自交系X25R×JSR F2群体的ECM134（LG IV）、MU3349（LG11）和CMAGN45（LGXI）位点;自交系M157R×JSR F2群体的MU5035（LGX）和chr10-0380（LGX）位点。（2）利用以上群体结合MAS育种同时进行2种白粉病抗病基因聚合育种,获得6个白粉病抗病位点杂合家系,1个白粉病抗病位点纯合家系,1个具有抗果斑病表型且白粉病抗病位点杂合家系。（3）MR-1和伽师瓜为亲本构建F2群体定位果斑抗性基因。将bfb-QTL12.1定位于CMMS35-4与DE1851之间,两标记间物理距离约3.4 Mbp,遗传距离为9.1cM。（4）利用上述群体中抗病亲本MR-1与皇后的染色体代换系进行果斑病抗病育种,获得1个果斑病抗病位点杂合家系。（5）利用安农二号和哈密瓜K413的RIL8,在已构建好的遗传图谱中将11种农艺性状进行了初步定位。（6）利用含抗白粉病抗性基因回交群体100号,进行抗白粉病抗病育种,获得1个糖度等各方面农艺性状优良且含有白粉病抗病位点杂合家系。