性别工资差异问题一直是劳动经济学研究的主题之一。在计划经济时期，性别工资差异较小。实行市场经济政策以后，性别工资差异越来越大，对其研究也越来越多。学者主要从人力资本角度、市场歧视角度和市场分割与补偿等角度来阐释性别工资差异的成因。但人力资本和性别歧视到底占了多大的作用？为此需要进一步进行计量回归。大多研究集中在均值和总量的研究，并不能度量不同收入分布上的不同。本文运用分位数回归模型，分析更深入更全面。随后利用改进后的Neumark工资均值分解和Melly分位数分解方法，进行均值工资分解和各个收入分布上的工资差异分解。在数据选取上，文章利用中国健康与营养调查（CHNS）2011年最新数据，并对比2000年、2004年混合年份数据与2006年、2009年混合年份数据，更好的把握动态趋势。在2011年中，受教育程度和户口因素缩小了女性由人力资本导致的工资差距；工作年限、国有单位和集体事业单位显著拉大了男女人力资本导致的工资差异。与2011年工资分解情况相比，2000年、2004年混合数据和2006年、2009年混合数据中的地区因素、受教育年限、军官运动员等特殊职业对其人力资本方面的工资差异影响较小；工作年限、管理人员和中高级技术人员对其影响较大。在均值分解和分位数分解中，性别歧视是导致工资差异的根本原因。性别工资总差异均呈现先上升后下降的趋势。分位数分解可知，2011年中等收入阶层性别工资差异最大，高收入阶层工资差异最小；2000年、2004年混合数据中高收入阶层工资差异最大，而2006年、2009年混合数据中低收入阶层工资差异最大。