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耳草属隶属茜草科茜草亚科纽扣草族，长期以来其属间界定颇具争议。本研究利用2个核基因(ITS和ETS)和7个叶绿体基因(atpB-rbcL，marK,petD,rbcL，rpsl6，trnH-psbA和trnL-F)，对耳草属植物进行了系统发育重建，包括272个分类群代表耳草属51个种（变种）以及从GenBank中下载的纽扣草族22个属，同时将分子系统学与形态学研究结果相结合，对耳草属的系统发育关系进行了探讨。
结果表明，现有耳草属为一复系类群，包括6个以上属于不同分支的类群，因此，不支持广义耳草属作为“大属”的处理。据此本研究初步对现有耳草属植物做出以下系统学处理：
1．Hedyotis affinis Roem.&Schult.应归为Pentanopsis Rendle属，故此提出新组合，即Pentanopsis affinis(Roem.&Schult.)X．Guo。
2．确定了耳草属的范围，即在系统树上位于Hedyotiss．str.分支的种类。本类群包括了广义耳草属植物的模式种H fruticosa L．，以及“二裂果组Hedyotissect.Diplophragma Wight&Amott"的种类，还包括我们最新发表的新种：信宜耳草Heydotis xinyiensis X.Guo et R.J.Wang.
3．支持伞房草属OldenlandiaL．的成立，范围限定在系统树上位于Oldenlandias．str.分支的种类，本属的模式种是D corymbosaL．，并对圆茎伞房草Oldenlandia tereticaulis(Ko)X．Guo进行新组合。
4．支持将牛白藤这一类群归于Exallage Bremek.，并新组合了7种植物。
5．支持将翅果草群归于Thecagonum Babu，但不支持将Hedyotis ovatifolia放入该属。
6．基于蛇舌草群7个种所组成的类群的系统学分析及形态学特征，描述一新属，即蛇舌草属．Sinensia X．Guo，本属的模式种为 S。diffusa(Willd.) X.Guo。
7．Hedyotis ovatifolia,H.coronaria和H chereevensis因系统位置不确定，尚需要更进一步的研究。