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DNA甲基化是表观遗传方面重要的研究内容之一，是指附着在胞嘧啶第5位碳原子被甲基化转移酶所催化，形成5-CG-3二核苷酸（称为CpG）的化学过程。大多数脊椎动物基因组中存在甲基化胞嘧啶核苷酸的集群，主要集中在基因5非编码区。CpGs中胞嘧啶的甲基化状态影响蛋白-DNA相互作用、染色质的结构和稳定性，因而在生物过程，如转录、X染色体失活及基因组印记中起到至关重要的作用。最近的研究表明，哺乳动物动物中DNA甲基化模式是具有组织或细胞系特异性。然而，我们对那些特定DNA甲基化调节作用的认识并不全面。因此，分析并比较组织和细胞系类型之间的基因甲基化特性，对于了解在不同生物过程中DNA甲基化机理是必不可少的。 基于UCSC基因组浏览器中下载的49611个基因，从中提取具有两个以上外显子的基因，经过筛选后剩余21740个基因。对于任何基因，将它看成由六个功能区域构成，即转录起始区域(TSSR)，第一外显子(FE)，中间外显子区域(MER)，内含子区域(IR)，最后外显子区域(LE)，和转录终止区域(TTSR)。本文针对9类细胞系和15种组织，从NCBI数据库浏览器中下载了Bisulfite-Seq甲基化数据，给出每个CpG位点的甲基化程度（数值范围为0～1）。基于此，对基因的六个功能区域的甲基化水平及其差异进行了分析和比较，发现6个功能区域之间的DNA甲基化水平具有很大的差异。因此，本文提出利用离散增量法和欧式距离法来识别差异甲基化基因(DMG)，并发现了一些甲基化差异显著的基因。同时，针对管家基因的分析表明，管家基因保持着低甲基化水平，这对保持细胞的基本代谢是至关重要的。 进一步，为了阐明CpG位点甲基化程度与邻近序列的相关性，以CpG为中心提取长度为23bp的核苷酸片段，构建CpG邻近序列数据库。根据CpG位点甲基化水平的不同，等间隔地分为11组，并对每组序列进行分析，结果显示CpG位点甲基化程度与上下游DNA碱基组分相关联，低甲基化水平的CpG位点邻近序列有更多的C(c)，G(g)碱基或CC，GG，GC，CG二联体。通过MEME motif软件分析高、低甲基化序列集合，分别得到一些特定的模体(motif)。通过计算序列能量，相对稳定和灵活性，我们发现其能量、相对稳定和灵活性随着CpG位点甲基化程度的增加而逐渐减少。