本文从理论、方法和实证三方面系统地研究了水利技术创新与专利制度和谐管理机制，力图为水利行业技术创新能力的提升、自主专利量的上升，寻求一种有效的管理机制。 在前人有关中国技术创新、专利制度实施等研究的基础上，本文运用和谐管理的原理，对中国技术创新、尤其是水利技术创新与专利制度分项管理的效率进行分析，指出分项管理效率低的根源在于忽视了技术创新中专利形成的内生性，人为地割断了技术发明、专利与创新的内在的强相关关系。 指出了保护创新之源永续的有效举措在于管理创新。以技术创新系统为主线，提升专利融入其中的内涵有赖于管理理念的转变，离不开和谐管理机制的支撑。论文首创性地将席酉民教授的和谐管理原理纳入技术创新与专利制度的应用研究之中，并在建构技术创新与专利制度和谐管理系统的基础上，对研发各环节的和谐管理机制作了有益的探索。 研究了职务发明专利创新主体责、权、利的价值取向。在探析中国职务发明专利，尤其是水利行业职务发明专利的数量少、质量低的基础上，指出其成因在于产权激励制度的残缺。转变现状、提升职务发明专利量的出路在于“融智”。应将和谐管理“和”的理念融入水利行业职务发明专利的研发之中，实施职务发明专利人格化，人格激励资本化，资本承认(折价入股)股权期权化等的系列制度创新，乃是实现水利科技现代化所必须。 建立了技术发明保护方式的博弈决策模型，意在为水利行业技术发明人提供可选择的保护模式。 建议水利行业关注技术发明保护的组合战略的研究，建立健全技术秘密的管理规范，在水利技术创新的“谐”的管理手段上不断创新。 提出了水利科技管理与专利和谐管理机制的实施，需要水利部宏观政策的促协与微观管理规范的协同，对水利行业实施专利产权激励制与分层次奖酬制进行了开拓性的探索。