高校科学研究在国家科技创新体系中的地位至关重要,高校的科学研究水平与国家的总体科技创新能力紧密相关。在国际人才竞争及世界一流大学创建的背景下,科学有效的评价高校科研投入与产出效率水平、合理配置有限的科研资源以及提高科研创新能力是关系国家、社会及高校的重要问题。中国高校与美国世界一流大学在科技创新能力上存在一定差距,如何提高科研投入与产出效率,以及如何缩小中美高校科研水平的差距成为中国高校提升科研竞争力亟待解决的重要问题。高校投入与产出效率是衡量科研活动成果及绩效水平的重要标准,因此比较研究中美高校科研投入与产出效率,根据实证分析结果提出对策建议,对于促进高校科学研究可持续发展和加快我国双一流大学的建设具有重要意义。本文采用数据包络分析方法(DEA),基于国际可比性的科研投入与产出指标体系,遵守数据包络分析方法的评价原则,选取中美44所公立高校(以下简称中美高校)作为评价对象,对不同类型、不同层次的中美高校进行DEA有效性分析,针对非DEA有效的高校调整投入产出的数量以达到目标值,运用Malmquist指数方法研究中美高校10年间科研生产力水平的变化,进而从静态和动态角度全面评价中美高校的科研投入与产出效率水平,其实证研究结论如下:(1)在对中美高校进行DEA有效分析时,中美各有8所和10所的DEA有效,分别占被评价高校总数的36.4%和45.5%。就纯技术效率而言,中美均有13所高校的纯技术效率值为1,达到DEA有效,约占被评价高校总数的59%。就规模效率而言,中美各有8所和10所高校的规模收益区间不变,达到了理想状态;中美各有2所和7所高校处于规模收益递减区间,中美各有12所和5所高校处于规模收益递增区间。(2)从高校类型来看,就中国高校而言,综合类高校的综合效率最高,其次是农林类,理工类高校的综合效率相对较差;就美国高校而言,综合类高校的综合效率最高,其次是理工类,农林类高校的综合效率相对较差。(3)根据DEA投影原理,对中美非DEA有效高校进行分析,寻找投入存在冗余和产出存在不足的指标,并确定投入与产出指标需要改进的方向及数量。研究发现,中美高校均存在科研投入冗余和科研产出不足的现象,中国高校的“研究与试验发展经费”的冗余比例略高于美国,且高校科研产出不足方面在高校类型上存在差异。(4)运用基于DEA模型的Malmquist指数方法研究2006-2015年中美高校整体科研投入与产出全要素生产效率的变动趋势,研究发现中美高校科研投入与产出全要素生产效率的波动性较大,中美高校中无一所高校的Malmquist指数的变化趋势是持续增长的,而是上升与下降交替进行。2006-2015年中美高校Malmquist指数的变动主要由技术效率变动指数和技术进步效率变动指数引起的。基于中美公立高校科研投入与产出效率的理论研究与实证分析结果,为了合理配置高校科研资源,提高高校科研资源利用率及科研创新能力,提出如下优化建议:合理配置科研人力资源,提高高校科研质量;加强科研经费管理,提高科研资源利用率;重视人才培训,实现科研人员合作与交流;完善科研成果激励机制,有效发挥其导向作用;制定高校科技创新发展规划,促进高校科研水平稳步增长。