松弛分子钟下系统发生树定根的模拟研究及进化分析软件的图形界面设计

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本文通过计算机模拟,对松弛分子钟定根方法的性能进行了评估,并编写了对若干速率漂变模型下速率的模拟、相关枝长的计算和序列生成的程序。模拟评估主要考虑了以下四个速率漂变模型:自相关速率漂变模型、独立速率漂变模型、复合泊松过程下的速率漂变模型、灾变速率漂变模型。通过比较BEAST软件和RAxML软件两者在系统发生树定根上的表现,初步探究了贝叶斯框架下MCMC结合松弛分子钟定根这一新的方法,揭示了其在现阶段的不足之处。主要结果包括:BEAST+松弛分子钟定根的正确率低于用RAxML+外群定根;在真实系统发生树各节点枝长相差不大的情况下,两种方法的差距不大;若真实的系统发生树内枝长相差很大,则两种方法的性能均有大幅下降,BEAST+松弛分子钟定根法正确率几乎为零。  PAML软件包和BPP软件是两款被广泛使用的基于命令行的进化分析软件。本文设计开发了其对应的图形界面软件PAML-X和BPP-X,并且支持Mac OS X、Windows和Linux三大平台。
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