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微型核心种质是我国23000多份栽培大豆的代表性浓缩群体。对微型核心种质基因多样性的研究有助于对微型核心种质的深入评价和挖掘优异基因、发掘新的类型。本研究首先查阅文献中的大豆QTL定位的结果，然后选取与QTL连锁的SSR标记对微型核心种质进行PCR电泳检测。直接在基因水平上研究微型核心种质的遗传多样性，所得到的主要结果如下： 1．微型核心种质不同的生态类型之间的基因多样性以黄淮夏大豆最高。微型核心种质在59个SSR标记位点上共扩增出406个等位基因，平均为6.88个，等位基因片段大小在90-355bp之间，基因多样性平均为0.589。 2．不同的遗传连锁群揭示的基因多样性存在差异，按照等位基因数从多到少的顺序排列为：C2＞M＞F＞L。基因多样性按照从多到少排列为：M＞C2＞F＞L。说明不同的连锁群其保守性不同。 3．微核心种质中育成品种与地方品种相比，等位基因数和基因多样性均略低。由于育成品种材料数少，因此说明育成品种之间的遗传多样性丰富，可以作为宝贵的资源利用。 4．利用结构分析软件STRUCTURE划分栽培大豆微型核心种质的遗传结构，结果将所有材料划分为7组。微型核心种质材料之间的遗传差异较大。微型核心种质材料本身的遗传结构特点以及包含的育成品种对遗传结构的划分产生影响。 5．连锁不平衡分析显示基于模型划分的各组之间LD存在程度不同，其中各个组当中存在显著(p＜0.05)连锁不平衡的SSR位点对的比例分别是：Ⅰ组0.041，Ⅱ组0.035，Ⅲ组0.047，Ⅳ组0.023，Ⅴ组0.065，Ⅵ组0.073，Ⅶ组0.069。