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目的:通过16SrDNA基因测序方法对RA患者与健康人肠道菌群进行比较,初步探索RA患者肠道菌群结构及多样性特征,为RA诊疗提供一定的理论依据。方法:本研究纳入15例初诊RA患者,10例健康人作为对照,收集RA患者及健康对照者的新鲜粪便样本,所收集的粪便标本在干冰低温条件下运送至实验室,利用基因提取试剂盒提取粪便样本中细菌总DNA,通过PCR扩增后使用HiSeq进行上机测序。测序结果进行分类操作单元(OTUs)聚类和物种分类分析及物种注释、α-多样性分析、β-多样性分析等微生物信息学相关分析,最后比较RA患者与健康对照组之间肠道菌群差异。结果:1.本次纳入研究的类风湿关节炎患者及健康对照者在性别、年龄、BMI上无统计学意义(P>0.05)。2.经OTU聚类分析共获得个3851个OTU,在门分类水平上,类风湿关节炎组在产氧光菌门、梭杆菌门丰度增多(P<0.05),在变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、纤维菌门丰度降低(P<0.05)。在属分类水平上,类风湿关节炎组在Faecalibacterium属、拟杆菌属(Bacteroides)、Erysipelatoclostridium属相对丰度增加(P<0.05),而在unidentified_Lachnospiraceae属、巨型球菌属(Megasphaera)、巨单胞菌属(Megamonas)相对丰度降低(P<0.05)。在种水平上,类风湿关节炎组Erysipelatoclostridium_ramosum相对丰度显著增加(P<0.01),而Bacteroides_plebeius和Megasphaera_elsdenii相对丰度显著降低(P<0.01)。3.α-多样性分析说明此次研究测序深度合理,类风湿关节炎患者组肠道菌群丰富度及多样性较健康对照组降低。4.β-多样性分析中,PCoA图提示类风湿关节炎组肠道菌群与健康对照组能显著区分(P<0.05)。UGMA聚类图提示两组间系统发生关系较远,群落结构有显著差异。而组内各样本间聚类在一起,菌群结构相似。5.LEfSe分析发现共有16种差异显著的标志性物种,类风湿关节炎患者组富集的菌群有9种,健康对照组富集的菌群有7种,造成两组之间显著差异影响力最大的三个微生物标志物(biomarker)是隶属于厚壁菌门的梭菌纲、梭菌目、瘤胃科(P<0.05)。结论:类风湿关节炎患者肠道菌群生态失衡,与健康对照组相比,RA患者肠道菌群的丰富度及多样性均降低。类风湿关节炎患者的肠道中,厚壁菌门的梭菌目、梭菌纲、瘤胃科的丰度显著增加,而变形菌门、变形菌纲、Selenomonadale目的丰度显著降低。