本文从农产品价值链整合的角度出发,以我国农业产业化组织模式从“公司+农户”向“公司+合作社+农户”模式的变迁的现实为切入点,运用20世纪90年代兴起的不完全合同理论解释了农业产业化经营中商品契约和要素契约的选择问题。理论研究表明形成以利益共同体为特征的农业垂直协作可以解决专用性投资不足的问题；而下游加工企业的人力资本在实现要素一体化的过程中发挥重要作用；商品契约向要素契约转变受到专用性投资、加工企业相对作用、价值链下游环节市场结构、企业与农户相对讨价还价能力等因素的影响。　　 本文研究认为农业产业化经营中农户与加工企业垂直协作初始总是表现为具有一般市场特征的商品契约,即以订单农业的形式进行合作,当双方的投资具有关系专用性时,商品契约这一模式仍然表现出较强的优势,但是随着加工企业在农产品价值链中投资作用的上升,这种上升最突出的表现就是农产品价值链由原来的“生产者驱动”转变为“加工企业驱动”,双方对最大化利润的追求将会转向以要素契约为主的合作模式,此时由占据主导地位的加工企业实现纵向垂直一体化优于原先的商品契约。对江苏泰州绿海花卉苗木产销合作社和北京圣泽林专业合作社的案例分析充分论证了本文的理论命题。在农业产业化发展到一定阶段,尤其是进入“工业反哺农业”阶段,商品契约具有向要素契约转变的趋势,合作社一体化模式的出现是上游农户与下游加工企业自发投资机制实现的结果,加工企业构成价值链整合的驱动因素直接推动了向要素契约的转变。在这一演变过程中,农户通过参与农产品价值链上下游各环节的整合分享价值重新分配带来的额外附加值,从而实现农户增收。