本研究对甲螨目6科各1个代表种分别进行核糖体RNA基因18S rDNA部分序列(约540bp)、28S rDNA D3区(约350bp)扩增测序,以Ischyropsalis luteipes(Genbank序列号U91497)为外群,对所得序列及联合数据结合Genbank搜索得到的序列进行分析,并分别应用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和邻接法(NJ)重建分子系统树,进行甲螨的分子系统学研究。研究结果如下:采用70%乙醇保存的新鲜标本(约20mg左右),分别用改进的十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)、氯化钠法(NaCl)、十二烷基磺酸钠法(SDS)、醋酸钾法(KAc)和试剂盒法提取甲螨基因组DNA,结果均能提取出总DNA。电泳检测结果表明提取获得的数量较少;PCR结果显示总DNA作为模板均可扩增出目的条带,但是对模板用量比较敏感,可见提取基因组DNA的纯度较低。通过引物设计、PCR扩增、切胶回收、测序分别获得18S rDNA部分序列和28S rDNA D3区序列各6条。测序结果在NCBI上作BLAST相似性搜索,确定获得的是目的序列。对所得序列及外群共7条序列进行组成分析:18S rDNA部分序列长度为547-550bp,仅有约4bp差异;碱基含量差异不显著;甲螨两两序列差异百分数为:1.1%-6.0%。28S rDNA D3区序列长度为346-357bp,最大差异为11bp;碱基含量差异不显著;甲螨两两序列差异百分数为:2.0%-11.8%。由此可见,两段序列在甲螨目内存在一定的变异。18S rDNA部分序列具有31个简约信息位点,占碱基位点总数的5.6%;28S rDNA D3区序列简约信息位点为36个,达10.1%,信息含量比较丰富。平均转换/颠换比分别为1.9和1.6。其中两两序列间转换发生的次数几乎均大于颠换次数,碱基替换未达到饱和,适合于系统分析。PTP检验均为P=0.001,也说明数据符合简约假设,所有的原始数据均含有较强的发育信息。两段序列用于系统发生分析,前者部分结果与传统观点相互矛盾,后者则基本一致。因此,18S rDNA部分序列意义有限;而28S rDNA D3区序列可作为非常有用的遗传标记,以研究甲螨目高级阶元的系统发生。根据形态特征分类,真卷甲螨科和卷甲螨科同属折甲螨总群,重建分子系统树一致强烈支持真卷甲螨科和卷甲螨科相聚;菌甲螨科、副大翼甲螨科同属有翅甲螨总群,基于28S和18S+28S数据的系统树一致支持菌甲螨科和副大翼甲螨科聚合,并具有相对较高的置信度。传统演化观点认为,折甲螨总群为原始类群。在分子系统研究中,MP和ML树一致支持真卷甲螨科和卷甲螨科合并后单独形成一支。但是,与NJ树结果不一致。本研究发现MP分析的结果不够稳定;在基部分支上,MP和ML分析结果趋向一致;NJ树的拓扑结构得到了系统分类学的支持,与MP和ML树相比,除个别分支外,置信度相对较高。所以,NJ树结果可能更接近事实。选用28S rDNA D3区序列,添加辐螨目和革螨目各2条序列,以Ischyropsalis luteipes为外群,组成11条序列,采用MP、ML和NJ分析重建系统树,进一步研究折甲螨总群的系统地位。MP和NJ分析一致显示折甲螨总群与其他甲螨类群聚为一支,再与辐螨目相聚。而ML分析则支持折甲螨总群先与辐螨目相聚,再与其他甲螨类群聚为一支。因此,研究表明折甲螨总群属于真螨类,根据NJ分析结果推测应该归属于甲螨目,支持传统观点。