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本研究选用了我们通过水稻分子育种途径选育的10个不同杂交稻新恢复系（父本品种）与10个不同类型的杂交稻不育系配组的27个不同杂交稻组合,分析了这些不同杂交稻组合及其亲本农艺性状的杂种优势表现,并对部分玉米DNA导入水稻新恢复系（父本品种）和杂种F1进行了分子检测,主要研究结果如下:1.杂交稻不育系天然异交率与农艺性状具有明显的遗传差异;我们采用分子育种途径选育的新的杂交稻恢复系（父本品种）中,大多数的农艺性状倾向大穗,高结实率。2.杂交稻组合的生育期接近其恢复系（父本品种）;杂交稻杂种一代的结实率表现不同;新恢复系（父本品种）与三系不育系和与两系不育系配组的杂交稻杂种一代恢复度表现不同。有希望从中筛选出具有杂种优势强的新恢复系和杂交稻新组合。3.杂交稻杂种一代的单穗粒数倾向其恢复系(父本品种,如前者的单穗实粒数大于后者的单穗实粒数,则表现出超亲现象,即表现出明显的杂种优势。4.杂交稻恢复系（父本品种）的谷粒较小,千粒重偏低;杂交稻杂种一代的千粒重亦偏低。不同杂交稻杂种一代的植株高度,一般倾向其恢复系（父本品种）。5.对水稻分子育种供体和受体亲本品种（恢复系）玉米品种慈利玉米、水稻品种慈选4号、湘早籼8号和杂交稻不育系培矮64S以及配组的两系杂交稻组合培两优慈4（F1）,进行了DNA分子检测和验证。RAPD扩增检测结果表明,慈选4号（玉米DNA导入水稻的选系）中找到了玉米DNA特异片段,而水稻受体亲本品种湘早籼8号和杂交稻不育系培矮64S中没有这个DNA特异片段。并在培矮64S与慈选4号的杂种一代（F1）中也找到了相应的DNA特异片段,这表明了水稻分子育种能用于进行杂交水稻育种的新恢复系选育及杂交组合选配。进一步采用Sothern印迹杂交分析的结果,也证明了玉米DNA导入水稻后,能够稳定遗传,选育具有强杂种优势的新恢复系,这些恢复系与杂交稻不育系进行配组能够获得具有强杂种优势的杂交稻新组合。