2014年《行政诉讼法》修改,将“征收、征用补偿决定”以及“土地房屋征收补偿协议”纳入到受案范围之中,从诉讼法意义上明确了补偿争议的司法救济渠道。长期以来,受传统行政法理论中“公权力不可处分”观点的影响,我国行政诉讼中禁止运用“调解”的方式解决纠纷。然而,随着现代行政理念的变化,在行政过程中“合作行政”、“服务行政”的理念逐渐深入人心,以“协商”方式解决行政争议在实践中越来越普遍。行政补偿争议通常与人们的直接经济利益挂钩,涉及人员众多,案件处理的难度大,稍有不慎容易引发集体上访事件。囿于1990年《行政诉讼法》中禁止调解的规定,法院无法使用调解的方式解决补偿纠纷。基于现实需要,在最高人民法院的倡导下,各地法院开展了“协调和解”机制的探索,这种“隐形的调解”缺乏诉讼法上的依据,直接导致行政诉讼撤诉率居高不下,不利于对当事人诉权的保护。正是基于现代行政法理念的变化与司法实践的迫切需求,2015年《行政诉讼法》开创性地规定了行政补偿案件可以适用调解制度。行政补偿诉讼中虽然有调解的现实需求,但从司法实践的现状看,以“调解书”方式结案的行政补偿数量很少。究其原因,一方面,行政机关在信息和资源方面具有天然的优势,行政相对人易在行政机关的压迫下形成非自愿的调解协议。另一方面,处于弱势的行政相对人对调解过程中法官的中立性产生质疑,认为其与行政机关更为“亲近”,不排除法官与行政机关合谋,以“调解”方式损害其合法权益。因此,在行政补偿诉讼中运用调解解决纠纷不仅需要考虑自愿、合法原则,还需要考虑调解的模式、调解的程序以及对调解瑕疵的救济。通过完善调解制度的相关规则,保障双方当事人在更为平等的环境下解决补偿争议。