基础之固始于农业之丰,国家之强源于农民之富,社会之安在于农村之稳。中国是一个典型的发展中农业大国,农业农村农民问题一直是关系国计民生的根本性问题。近年来,中国特色社会主义新农村建设突飞猛进,不管是中央还是地方,用于“三农”的财政支出数额一年比一年庞大。大量资本的注入在完善农村基础设施、引进先进种植技术、提升农业自动化、帮助农民增收及改善广大农民朋友生活条件等方面起到了非常重要的促进作用。但是近年来通过审计发现,农业专项资金的使用和管理中存在着诸多漏洞及问题,如立项环节缺乏科学论证、项目资金浪费率高、巧立名目重复申报、资金虚假申报、专项资金的结余使用不规范造成大量资金沉淀等。这些问题如果得不到根本性的解决,政府投入的资金就不能发挥其应有的效应,造成国有资本的流失。因此,如何正确、有效地约束资金的使用和监管,促使资金利用的经济性、效率性和效果性更上一层楼,已成为我国新时代建设的一项重要课题。本文首先介绍了著名的公共财政理论、受托经济责任理论和免疫系统论作为本文的研究理论基础,阐述了我国农业专项资金的特点及构成和运行的原理,以及我国农业专项资金需要审计部门进行严格监督检查的必要性及充分性。接下来运用规范分析法、案例分析法以及文献调查法等研究方法对我国农业专项资金从申请立项、编制预算、上级拨付到管理使用等每一个关键的环节进行详细的分析和梳理。首先,分析我国农业专项资金的使用现状,包括多年来取得的成绩以及审计发现的重点问题,在肯定我国农业专项资金做出巨大贡献的基础上,正视目前农业专项资金使用管理中存在的一些典型问题,从审计的角度出发,分析问题产生的原因。然后以A省高标准农田建设专项资金审计作为案例,由面及点研究我国农业专项资金中存在的问题如何在案例中得以体现,经研究分析A省高标准农田建设专项资金存在着协调机制不完善、项目规划未衔接、建设标准不统一、田块权利归属不明晰等问题。最后针对农业专项资金使用及管理方面,从审计的角度提出几点符合我国国情发展的对策建议,首先要合理选择农业专项资金的支出形式,按资金的性质和用途进行重分类;此外明确统一归口管理部门,实现资金统筹管理;加快农业投资立法,强化监督制约机制。除此之外,为帮助推动资金使用管理规范进程,针对审计工作本身提出了一些建议。