大多数农作物性状是由多基因控制的数量性状，对数量性状基因位点进行鉴定在作物遗传育种上具有重要意义。尤其是用全基因组完成测序的材料进行数量性状的研究，为进一步开展QTL功能解析奠定坚实的基础。本研究选用两个全基因组测序已经完成的材料籼稻93-11和粳稻日本晴（Nipponbare，本研究中简写为NIPP），以及进行了部分测序的光温敏两用不育系PA64S和完成了第4染色体全序列测序的籼稻广陆矮4号（本研究中简写为GLA），进行两两组合，共构建了6个F₂遗传群体，利用SSR标记进行了遗传连锁图谱的绘制，并对株高、抽穗期、千粒重等14类重要农艺性状进行了QTL定位分析，其主要结果如下： 1．用756对水稻SSR引物在四个亲本材料间进行了多态性分析，结果表明：日本晴与93-11、GLA和PA64S之间的多态性频率分别为33.07％、30.56％和23.81％；PA64S与93-11和GLA之间的多态性频率分别为19.44％和18.52％；93-11与GLA之间的多态性频率为11.24％。亲缘关系越近，两者之间的多态性越小。 2．利用4个测序水稻品种进行两两杂交构建了6个F₂遗传群体（PA64S／9311-F₂，PA64S／Nipponbare-F₂，PA64S／GLA-F₂，NIPP／9311-F₂，NIPP／GLA-F₂和9311／GLA-F₂），并用SSR标记绘制了6张分子连锁图谱。在这6张图谱上定位的SSR标记数、覆盖基因组长度（cM）和标记间平均遗传图距（cM／marker）分别为：74，1204，18.27；89，1400.4，15.73；89，1331.9，14.87；117，1670.7，14.28；108，1224.6，11.34；53，1130.6，21.33。 3．由本实验室自行开发设计的SSR标记（编号为RP#系列），有90对被分别标定在上述6张连锁图谱上，其中在PA64S／9311上有22对，PA64S／Nipponbare上有44对，PA64S／GLA上有19对，NIPP／9311上有41对，NIPP／GLA上有46对，9311／GLA上有4对。 4．利用QTL区间作图法对株高、有效分蘖数、千粒重、抽穗期、穗数等14类水稻农艺性状进行了QTL定位，共检测到130个QTLs，其中在PA64S／9311-F₂(包含其F_2：3家系)，PA64S／Nipponbare-F₂(包含其F_2：3家系)，PA64S／GLA-F₂，NIPP／9311-F₂，NIPP／GLA-F₂和9311／GLA-F₂等6个群体上分别检测到16、23、17、38、25和11个QTLs。在6个群体中所检测到的49个主效QTLs如下： ① 在PA64S／9311-F₂(包含其F_2：3家系)群体中检测到的主效QTLs有7个：2个株高QTLs（qph1，31.6％；qph2，29.4％）；1个穗长QTL（qpl1，31.4％）；2个剑叶长QTLs（qfl1，22.7％；qfl2，21.8％）和2个分蘖数QTLs（qtn2，21.6％；qtn3，35.5%）。②在PA64S加ipponbare一F:（包含其FZ:3家系）群体中检测到的主效QTLs有8个:1个有效分集数QTL（qelnZ，31 .3%）;1个穗数QTL（qPn3，34.4%）;3个剑叶长QTLs（叨2，48.7%;叨了，53%;叨4，66，8%）;l个结实率QTL（叮551，51.8%）;l个千粒重QTL（仔加2，29.5%）和1个株高QTL（卯人了，32%）。 ③在PA64s/GLA一F:群体中检测到的主效QTLs有4个:2个分集率QTLs（卯tl， 72.50/0; qPtZ，72.9%）和2个株高QTLs（qPh]，20.5%;qP肠，32.6%）o ④在NIPP/93ll一FZ群体中检测到的主效QTLs有18个:3个分集率QTLs（qPtl，63.1%; qPt3，64.60/0; qPt4，290/0）;3个株高QTLs（qPhl，41 .5%;qP附，203%;qPh4， 26.7%）:2个主穗长QTLs（叮呷l了，27.7%:宁叩14，24.3%）:2个抽穗期QTLs（叮hdl， 25%:叮hdZ，27.9%）:l个穗长QTL（卯14，20.6%）:4个剑叶长QTLs（叨I，22.8%: 妞2，21.4%;妞4，29.1%:叨J，25.4%）和l个穗数QTL（卯n4，22.1%）‘ ⑤在NIPP/G LA一F:群体中检测到的主效QTLs有8个:1个分集数QTL（qtnZ，21 .9%）; l个有效分集数QTL（qetnZ，21 .5%）;1个分集率QTL（qPt3，70.2%）;3个株 高QTLs（卯hl，28.1%:卯hZ，40.8%:卯h了，20%）和2个穗数QTLs（卯nl，27.3%: qPnZ，23%）。 ⑥在9311/G LA一F:群体中检测到的主效QTLs有4个:1个有效分集数QTL（qetnl， 54.9%）;1个分集率QTL〔qPt]，573%);1个株高QTL（卯方3，23.4%）和1个穗 长QTL（卯11，20.40，0）。5.对本研究中检测到的QTLs位点进行了比较定位分析，结果表明:有许多控制不同 性状的QTLs被定位在相同的区间;另外包括抽穗期，分集数，有效分集数，穗长， 剑叶长，主穗长和株高等7类性状的14个QTLs位点被定位在不同群体的相同或相 邻的区间上。6.选择了20个Pos=0的QTL进行生物信息学分析，结果表明:在群体PA64s/9 3 11一FZ 中标记RM547、RM583和RM263各自连锁的QTL分别具有可能增加剑叶长、降 低株高和增加株高的作用;在群体队645闪IPP一F:中标记即145和”395各自连锁 的QTL分别具有可能增加穗长和千粒重的作用，标记OsR28所连锁的QTL可能具 有减少每穗颖花数和/或降低着粒密度的功能;在群体PA64s/GLA一F:中标记RM204 和RP14各自连锁的QTL分别具有可能降低株高和减短剑叶长的作用;在群体 MPP/93 11一F:上标记RP207所连锁的QTL可能具有增加分粟数和/或增加穗数的作 用，标记RP 164所连锁的QTL可能具有提早抽穗的作用，标记RM10所连锁的QTL 可能具有增加穗数的作用;在群体NIPP/GLA一F:中标记即104所连锁的QTL可能具有增加?