番茄DWD家族的生物信息学分析及生化特征

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WD40家族的一个亚家族DWD(DDB1-binding WD-repeat domain)家族蛋白被证明在CUL4泛素E3连接酶复合体中起到底物识别亚基的作用。但是,在番茄(Solanum lycopersicum)中对这个亚家族的相关信息却知之甚少。在本研究中,基于最近公布的番茄基因组注释序列,对100个编码DWD蛋白且可能与DDB1蛋白产生相互作用的番茄基因进行了鉴定和分析,分析内容包括详细注释信息、染色体定位和保守氨基酸结构域组成等。此外,我们还构建了这个亚家族的系统进化树,发现家族成员主要聚类成三个大组。另一方面,我们通过酵母双杂交和免疫共沉淀的实验方法检验了14个代表性番茄DWD蛋白和DDB1蛋白之间的直接互作,并且,在亚细胞定位实验中发现它们中的6个成员同时定位在细胞核和细胞质中,7个成员特有地定位在细胞质中,还有1个成员蛋白既能同时存在于细胞核和细胞质中也能只存在于细胞质中。此外,我们还通过比较基因组学分析发现,该亚家族成员数量的扩增主要得益于进化过程中的两次全基因组的三倍化事件。
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