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羊肚菌是一类具有重要食用和药用价值的珍稀经济真菌。虽然近些年对羊肚菌形态学、生物学特性和系统分类学等方面的研究取得了一定成果,但目前依然存在诸多问题:(1)基于菌丝体的羊肚菌鉴定没有统一的标准;(2)对羊肚菌种属的划分依然存在分歧。本研究对18个菌株进行基于菌丝体的羊肚菌鉴定和分子系统学研究。采用分子方法对所获菌株进行鉴定。通过克隆测序,确定18个菌株的ITS序列,在Genebank数据库中检索比较后,可以准确的鉴定出羊肚菌各菌种,并确定50536、50537、50647、50648、G5241五个菌株并非羊肚菌。通过菌丝体形态比较观察发现,羊肚菌的菌丝体可以分为表面菌丝和基内菌丝。表面菌丝有明显主干、挺直、有光泽,初期呈白色或淡黄色,辐射生长、后逐渐变为黄色至黄褐色,菌丝主干多分枝,分枝可分为两类,一类形成次级主干,形态与一级主干类似;另一类伸入培养基内形成基内菌丝。基内菌丝短粗,无主干,颜色相对较浅。通过此特征可将羊肚菌与其它真菌菌株区分开来,为通过在菌丝体形态区分羊肚菌提供了依据。对已确定菌种的13个羊肚菌序列进行同源性比对,采用最大简约法(Maximum Parsi- mony Method,MP)和邻接法(Neighbor-Joining Method,NJ )构建分子系统树,探讨羊肚菌的种类划分和系统发育关系。结果表明,通过ITS序列分析可以将羊肚菌分为两大类群,一类的ITS序列较长(1098-1172)包括菌种M.esculenta和M.crassipes;另一类的ITS序列较短(698-702)包括菌种M.conica和M.costata。这个研究结果支持将羊肚菌划分为黄羊肚菌和黑羊肚菌两大类群,且黄羊肚菌的ITS序列较长。上述分支结果与形态特征也是吻合的。