本文针对在农业,生物学等众多领域被广泛应用的高通量筛选系统,从建立高效的模型、优化控制结构以获取良好的系统性能等方面,进行了深入研究。高通量筛选系统,作为一类出现于上世纪90年代的离散事件系统,是一类新兴的离散事件系统,借助高度自动化的设备如机器人等,使在短时间内大量地自动检测筛选样品成为可能,因此,这类系统被赋予“高通量筛选机器人”的称号。本文从模拟人类智能决策,以“恰好及时(just-in-time)”为系统运行准则出发,研究该系统的控制优化。过去单纯从事件域的角度出发对该类系统进行的建模,对后续的系统分析及控制实施有所不便。本文基于双子代数结构对系统进行建模分析。之后,根据“just-in-time”这一准则,在系统中加入反馈控制,以达到将输出侧信息及时反馈给输入端的目的,并且分别讨论不同控制结构及控制策略。针对不同的控制结构,将期望系统行为作为优化指标,获取良好的控制性能。针对优化指标的特殊构造问题,设计了预处理器,避免期望系统行为的特殊构造要求。考虑到实际系统中由于设备故障,人为干预等不确定性因素使得上述确定性高通量筛选系统成为一个不确定性系统,将双子代数拓展至区间双子代数,将对确定性高通量筛选系统的研究延伸至不确定性高通量筛选系统的研究。最后,进一步研究不确定性高通量筛选系统的控制策略,使得不确定性高通量筛选系统的控制效率得到提升。