内部审计是为增加组织价值、改善组织经营而进行的相对独立、客观的保证和咨询活动。内部审计通过系统的、科学的方法来评价法人治理的有效性，从而改善法人治理。法人治理结构决定着内部审计如何设置，进而影响内部审计的作用效果，内部审计与法人治理紧密联系在一起。公立医院内部审计开展以来，在监督财务、防错纠弊等方面都起到了较好效果，但公立医院内部审计是行政治理模式下的产物，还不适应公立医院深化改革的需要。内部审计独立性不强，人员组成不合理，服务范围偏窄，审计质量控制乏力等，是迄今公立医院内部审计存在的主要问题。新近出台的《关于公立医院改革试点的指导意见》，特别强调“建立法人治理结构”、“建立健全公立医院内部审计制度”。因此，探究法人治理下公立医院内部审计问题，寻找公立医院内部审计发展之途已成为当务之急。法人治理与内部审计有许多共同点，它们相互作用，或者说，法人治理与内部审计是“皮”与“毛”的关系：法人治理是内部审计开展的基础，内部审计能有效改善法人治理，内部审计是法人治理下的内部审计。审计环境缺失、受托责任模糊、内审动力外部化、内部审计服务主体的双重性、政府主管部门的政策支持乏力等是导致公立医院内部审计现存问题的主要原因。借鉴国内外企业内部审计的先进做法，建立法人治理，明确公立医院治理中的所有者代表，确保内部审计的独立性；明确公立医院所有者与经营者关系，以法律文书的形式固定受托责任；公立医院内部审计执行机构服务职能由监督为主向转变监督与服务并重转变；加强公立医院内部审计人才的培养以及对内部审计业务施行全过程控制；等，是完善现代公立医院内部审计的必由之路。