国际环境非政府组织自从1979年到中国开展活动以来，在为中国环境治理做出重要贡献的同时，也存在一些问题亟待解决。这些问题主要包括：第一，活动不规范，设立机构、开展活动处于无序状态；第二，还没有完全适应中国本土环境，运作模式“水土不服”，项目运作和培训工作西方化，一些活动所采取的过激模式需要调整；第三，国际环境非政府组织不受节制的掌握中国环境信息，可能被某些西方国家利用，助长“中国环境威胁论”，同时也存在对中国国家安全的潜在威胁。　　 导致这些问题的主要原因是：一、中国有关国际环境非政府组织的法律制度不完善，缺乏关于国际环境非政府组织的专门立法，现行双重管理体制使国际环境非政府组织登记注册制度形同虚设，对国际环境非政府组织成员的权利义务缺乏明确规定；二、中国国内环境非政府组织体系发展不完善，这包括中国国内缺乏对国际环境非政府组织活动规律的研究，国际环境非政府组织缺乏对中国国情的正确认识，中国环境非政府组织系统内部缺乏有效的沟通和协调机制，没有一个常设的行业职能部门，缺少行业准则和监管机构；三、环境领域与国家安全领域之间缺乏互动机制，主要表现为环境信息归属缺乏立法和惯例支持，中国缺少对国际环境机制和重点国际环境主体的研究，缺乏对危害国家安全的环境行为的明确规定。　　 要有效解决这些问题，一要促进国际环境非政府组织相应立法的不断完善，应该从立法的价值和原则、有关制度建设和相关的工作人员制度等几个方面着手；二要促进中国国内环境非政府组织体系的和谐发展，这包括要促进本土环境非政府组织的良性发展，促进组织良好品质的养成，不断培养符合环境事业需要的非政府组织专业人才。促进国际环境非政府组织本土化，使它们在熟悉中国国情之后，尽量全面的发挥自身优势。大力推进本土环境非政府组织国际化，促进国际环境体系中力量对比的进一步合理化；三要采取有效措施，防止西方国家利用环境非政府组织对中国进行渗透和颠覆活动。要改革完善国际非政府组织的注册登记制度，使国际非政府组织在华活动纳入中国法制管辖领域。建立项目审查制度，对于境外注入境内的资金，务求来源清楚，防止不当用途。加强对国际环境非政府组织活动规律的研究，及早发现并减少可能发生的问题及相关活动带来的负面效果，防止对中国国家和社会造成不利影响。