改革开放以来，我国以年均10%以上的GDP增长速度成为世界瞩目的焦点，但是“中国制造”的模式以及长期依靠“资源要素投入”的经济发展方式导致我国经济发展的质量和效益大打折扣。科技创新是提高社会生产力和综合国力的战略支撑，我国转变经济发展方式，要以“科技创新”代替“要素投入”，才能实现经济效益和社会效益协调发展。“十二五”期间，我国将加快转变经济发展方式，培育和发展战略性新兴产业，运用高新技术改造提升传统产业。企业作为国民经济的微观主体，其科技创新和经营绩效直接关系到我国经济社会的又好又快发展。为了加强对企业科技创新的引导和激励，要科学合理地监测、评估和考核企业的科技状况和经营绩效，这就需要建立一套科学、完善的绩效评价体系。本文在深入总结国内外学者关于科技创新和绩效评价研究成果的基础上，综合利用管理学、会计学和计量经济学的相关知识和研究方法，以科技创新要素为基础，以促进经济发展方式转变为导向，分别从创新能力、可持续发展能力、财务效益三个方面选取企业绩效评价定量部分的指标，从科技管理创新、人力资源管理创新、文化管理创新、战略管理创新、财务管理创新和社会责任管理创新六个方面选取企业绩效评价定性部分的指标，利用调查问卷法和层次分析法确定了各项指标的权重值。然后以山东省制造业上市公司为例，进行了实证分析和对比分析，得出了山东省制造业上市公司2011年的综合排名，结果客观真实，为政府部门等利益相关者评价企业经营绩效、有针对性地加大对企业科技创新的引导和激励，提供了理论依据和数据支持。最后在得出研究结论的同时指出了本文研究的局限性和今后研究方向。