使用水稻广陆矮4号10k cDNA芯片进行籼粳稻表达谱差异研究

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水稻是最重要的粮食作物之一。粳稻日本晴和籼稻93-11的全基因组序列测定完成使得籼粳稻基因组比较上取得了很多成果,但是在籼粳稻表达谱研究上报道很少。使用表达序列标签和cDNA 序列对于水稻功能基因组研究非常重要。中科院国家基因研究中心分别构建了籼稻广陆矮4 号不同组织和生长时期的五套cDNA文库,并且测序得到了籼稻广陆矮4 号10,096 个不重复的cDNA克隆。我们使用这些克隆构建了一套广陆矮4 号非冗余的cDNA芯片。通过使用这张芯片,我们获得了322 个广陆矮4 号和日本晴的差异基因,并且利用荧光定量PCR 验证了其中30 个基因的芯片结果。荧光定量PCR 得到的结果与cDNA芯片分析的数据基本符合。
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