流域生态补偿作为一种协调上游和下游间生态保护和经济利益关系的环境经济手段，已经得到我国理论界的广泛讨论，并在实践中开展了有益的探索。但从实际情况来看，目前流域的生态补偿额度远远低于上游地区为保护环境所作出的牺牲或损失，以致水源生态保护区几乎都是经济欠发达地区。如果这一问题不能得到有效的解决，必然会严重打击上游保护生态的积极性与主动性，那么流域的可持续发展也将难以实现。关于区际补偿金的核算方法，目前理论界主要有两个视角：一是收益视角，二是投入视角。前者首先测算流域生态保护所产生的效益，然后根据下游的经济发展水平或居民支付意愿等确定一个系数；后者主要依据上游的生态保护直接投入成本以及机会成本进行核算。然而，在生态保护初期，建设投入往往会大于生态效益，因为生态价值的产生具有一定的滞后性。正是这个缺口的存在，使生态保护与经济发展难以两全。其实，这个悖论并非只出现在流域的生态保护，而是普遍存在于生态文明建设中的一个难题。本文认为，流域上游的生态保护（破坏），受益（损）的不仅仅是下游的区域，而且还有下代的企业和居民。因此，根据“谁受益谁补偿，谁污染谁赔偿”的原则，除了下游区域外，下代的企业和居民也应承担生态补偿的义务（或者享受生态赔偿的权利）。这就面临一个问题，即下代的主体是谁？显然它是缺位的。为此，本文提出：下代的主体可以由高一级政府作为代理。按照这一思想，本文构建了一个兼顾区际和代际的流域生态补偿理论分析框架。根据以上的理论分析框架，本文测算了新昌江生态保护的直接成本、机会成本以及当期的生态价值，并基此推算出区际和代际的生态补偿金额。分析表明，按照本文构建的理论分析框架，生态补偿主体明确，补偿金分摊依据合理，更重要的是能大大激发流域上游开展生态保护的积极性和主动性。