Gleevec(STI-571)是由Novartis公司开发的一种治疗慢性粒细胞白血病(CML)的特效药物，它作用在Abl酪氨酸激酶上，通过抑制Abl酪氨酸激酶与ATP的结合，阻止信号传导，从而起到治疗CML的目的。该药于2001年五月通过美国食品药品监督管理局(FDA)的批准，正式上市。这是FDA批准的第一种靶向特定的治疗肿瘤的小分子药物，它的出现在靶标抗癌药物的研究中具有里程碑式的意义。　　 近年来，STI-571的抗药性被人广泛关注，迫切需要活性更高的新药物分子问世。一系列结构同STI-571相似，活性却显著增加的药物被研发出来，并投入临床实验。例如INNO-406、Dasatinib等。这些分子在保留了STI-571的基本骨架的基础上，对结构进行了简单调整，从而达到了提高活性的目的。　　 本文通过分子对接的方法，来研究一系列结构同STI-571相似的分子与Abl蛋白质受体的结合方式，并通过MM/GBSA的方法计算体系的结合自由能，对于设计高活性的抑制剂有重要的意义。主要工作如下：　　 1，通过DOCK程序进行小分子配体同蛋白质受体的对接。将得到的对接结果同其实际X射线衍射晶体结构相比较。改变小分子的结构，探索小分子结构与其活性的关系。揭示了小分子配体同蛋白质受体的作用方式，以及影响小分子活性的结构性因素。发现了STI-571分子空间效应和氢键效应对于对接结果的影响，这两点是进行进一步新药物分子设计的依据。　　 2，通过MM/PBSA的方法，计算小分子配体和蛋白质受体的结合自由能。运用AMBER软件中的MM/GBSA模块对结合自由能进行分析，得到蛋白质受体上各个残基与小分子配体的作用力，并进行排序，找出在对接中贡献最大的蛋白质残基，为设计高活性的小分子抑制剂提供了能量方面信息。