日本脑炎病毒(JEV)是在世界上最重要的病毒性脑炎病原体之一。尽管通过疫苗接种和改善个人卫生,已经大大减少了乙脑病例数量,但它仍然是一个公共卫生问题。研究显示,2006-2009年期间每年全球约有67900例乙脑病例发生,其中50%(约33,900例)发生在中国。我国湖南省自50年代起一直是乙脑的流行区,1951~2000年乙脑年平均发病率为5.82/10万,在2013年7月湖南省公布的乙脑报告病例中,怀化市报告乙脑发病数列居前位。怀化市位于湖南省西部偏南,属中亚热带季风气候区,四季分明,光热资源丰富,雨量充沛,为三带喙库蚊的繁殖提供了良好的孳生环境。近年来,极少有研究针对该地区的乙脑媒介三带喙库蚊的密度、季节消长等生态学特征进行详细调查且对该地区乙脑病毒流行株缺乏深入研究。本研究,通过对怀化地区蚊虫多样性特征、三带喙库蚊种群季节消长、携带病原体情况的调查,了解该地区主要传播媒介的种群分布特征、目前流行的乙脑病毒株的基因型别及分子特征,为该地区乙脑的防控和流行趋势的预测提供重要的基础数据。通过蚊虫种群密度现场调查,掌握了当地蚊虫种群密度及季节消长等资料,运用RT-PCR的方法,分段设计引物、扩增、测序、拼接,得到了蚊和猪体内乙型脑炎病毒序列,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法,对蚊虫和猪体内分离湖南怀化株病毒基因与目前Genbank中登录的覆盖基因Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型和Ⅴ型5个基因型别的乙脑病毒序列进行系统进化分析,获得如下结果。湖南怀化蚊种构成比较简单,三带喙库蚊和中华按蚊均为当地的广布种,特别是在猪圈和人居环境采集的蚊虫以三带喙库蚊构成比最高,占总捕获蚊虫数的94.2%~98.6%。三带喙库蚊活动时间较长,季节分布曲线呈单峰状态,8月下旬出现高峰期,9月上旬密度开始下降。本研究首次从怀化地区自然界乙脑传播循环的关键环节——媒介蚊虫和猪体内分离到乙脑病毒,蚊虫感染乙脑病毒的最低感染率分别为1:3858 and1:2381,猪的乙脑病毒感染率为16.42%,经鉴定,湖南怀化地区蚊虫和猪体内分离的乙脑病毒均为基因Ⅲ型乙脑病毒。新分离蚊虫体内湖南怀化株病毒株与JEV SA14、SA-14株具有基因序列同源性。湖南怀化猪源性JEV病毒株在进化关系上与台湾分离株TIPI、日本分离株Ja GAr01和中国福建分离株YLG株亲缘关系最近。尽管怀化蚊虫体内分离乙脑病毒与SAl4-14-2株氨基酸比对结果显示,在序列E基因区段存在11个氨基酸位点差异,位于E304和E335位点,能影响病毒抗原抗体结合的半胱氨酸则未发生变化,没有发生决定抗原性的关键位点改变,因此怀化株乙脑病毒抗原性与疫苗株SA-14-14-2没有差异,同时,由于乙脑病毒抗原性相关的关键位点未发生改变,因此理论上当前使用的疫苗株SA-14-14-2能够保护我国湖南怀化株乙脑病毒的感染。新分离蚊虫体内湖南怀化株株乙脑病毒与JEV SA14、SA-14株具有基因序列同源性。湖南怀化猪源性JEV病毒株在进化关系上与台湾分离株TIPI、日本分离株Ja GAr01和中国福建分离株YLG株亲缘关系最近。