中药是基于系统生物学的多组分天然药物。中药中的生物活性分子是中药作用的分子基础。运用计算机辅助药物设计方法研究中药中的活性分子作用的机理，对于基于中药的多组分多靶点药物的开发，对于中药作用机理的阐明，对于中药的现代化有重要的意义。作者在博士期间，做了一些计算机辅助药物设计方法在中药体系中的应用。主要包括以下内容： 1.研究中药复方血府逐瘀汤中分子在心血管疾病靶标-配体空间的分布，得到了血府逐瘀汤中分子在肾素、血管紧张素转化酶Ⅰ、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶和P-糖蛋白的靶标-配体空间的分布图，进一步探讨了血府逐瘀汤中可能存在的混杂药物机理。 2.利用计算机辅助药物虚拟筛选方法从中草药三维结构、性质数据库虚拟筛选得到具有抗血小板聚集的gpⅡb/Ⅲa受体抑制剂，和可能具有抗癌效果的G-四链体稳定剂并进一步经过实验验证。 3.用分子动力学和结合自由能计算方法研究了HCVNS3丝氨酸蛋白酶与一类多酚类抑制剂之间的结合模式，预测了它们之间的结合自由能，为进一步设计和改造：HCVNS3丝氨酸蛋白酶抑制剂提供了结构信息。 4.对14种常见的分子对接打分函数进行了比较，讨论了各种打分函数的优缺点，为分子对接具体应用中打分函数的选择提供了参考。 5.用分子动力学和结合自由能计算方法研究了两类选择性抑制剂与雌性激素受体之间的结合模式，进一步探讨了配体在两个子类型雌性激素受体之间选择性结合的机理。 此外，在第一章中对中药是基于系统生物学的多组分多靶点药物进行了综述，包括多组分多靶点药物开发的现状，系统生物学的发展，利用系统生物学确定中药活性分子与靶标之间的协同作用是中药研究的主要方向。在第二章综述了计算机辅助药物设计虚拟筛选方法，包括分子对接、药效团模型以及相似性比较方法。最后是作者在攻读博士期间发表的论文及致谢。