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本文利用计算机辅助，对几种靶酶与其抑制剂小分子的结合情况进行了研究。
在受体乙酰乳酸合成酶(ALS)三维结构未知的情况下，采用距离比较法(DISCO)抽提出靶酶ALS抑制剂的药效团模型。
根据的菠菜光合作用系统Ⅱ的D1蛋白的氨基酸序列，利用其同源蛋白(细菌cyanobacteriumThermosynechococcuselongatus的光合系统Ⅱ的D1蛋白)的晶体结构，同源模建了菠菜D1蛋白的三维空间结构。
利用已建立的菠菜D1蛋白的3D结构和原卟啉原氧化酶(PPO)、对羟苯基丙酮酸双氧化酶(HPPD)的晶体结构，运用软件FlexX将各类蛋白质与其抑制剂小分子进行对接，研究了其结合方式。