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近年来,腹泻性疾病已经成为危害我国肉羊养殖业的主要疾病之一,该病多由致病菌引发,导致育肥羊(尤其是羔羊)肠道菌群失调、胃肠道功能紊乱而发生腹泻,给我国肉羊养殖业造成了严重的经济损失。目前,兽医临床多采用抗生素对该病进行治疗,但抗生素的不合理使用不但引起了肉羊肠道菌群的紊乱,影响了反刍的正常进行,同时也不断诱导耐药菌的产生及促进耐药基因的传播,对公共卫生安全造成了威胁。为此,本研究拟对吉林省部分地区患腹泻羊进行病原的分离鉴定,并对发病率不同的羊群粪便中菌群多样性和耐药基因丰度进行检测,以期为肉羊养殖环节药物的合理使用及粪菌移植等新型治疗方法的制定奠定基础。主要试验结果如下:1.致腹泻病原菌的分离鉴定及药物敏感性检测本研究对吉林省延吉、长岭两地疾病多发的肉羊养殖场中患腹泻疾病的病羊进行病原菌的分离鉴定,结果显示共分离得到14株致病菌,包括2株奇异变形杆菌和12株大肠杆菌;所分离菌株均对BALB/c小鼠具有致病性,且两株奇异变形杆菌致病性更为严重;药物敏感性实验结果显示,所分离菌株已对临床常用药物,如左氧氟沙星、庆大霉素、四环素等呈现了不同程度的耐药性,其中对氨苄西林耐药的菌株耐药率为93%,仅一株分离菌对其呈中度敏感;分离菌对链霉素耐药率为57%,对诺氟沙星、左氧氟沙星、四环素耐药率均为50%;对氟苯尼考、庆大霉素、呋喃唑酮、头孢噻肟耐药率分别为43%、34%、29%、21%,全部受试菌株仅对多粘菌素B敏感。同时,结合课题组近几年来对多个羊场细菌性疾病的流行病学调查结果,对吉林省5个不同肉羊场细菌性疾病的发病率进行统计分析,结果显示,延吉(YJ)、长岭(CL)两地某羊场肉羊养殖较密集的养殖场细菌性疾病发病率较高,分别为12%、7%,公主岭(GZL)、白城(BC)、长春(CC)等三地肉羊养殖场细菌性疾病发病率较低,分别为0.5%、0.02%、0.01%。2.不同发病率羊群粪便菌群多样性检测为了进一步探索肉羊肠道菌群与发病率的关系,本研究采用16S测序方法对上述5个不同细菌性疾病发病率羊群的粪便微生物组成结构及物种的丰度水平进行了检测,每个羊群为一个检测组,共得到合格的OUT序列1592条,进一步对合格的序列与微生物参考数据库对比得到对应物种分类信息后进行Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种注释及分类学分析等,分析结果显示,不同组间肉羊粪便中微生物多样性和结构存在较大差异,其中,CL(发病率12%)、YJ(发病率7%)两个发病率较高场的样品组内,样品空间分布较发病率低的组距离更远,且组内样品间距离较大,表明这两组样品的物种丰富程度也更高,而GZL(发病率0.5%)、BC(发病率0.02%)、CC(发病率0.01%)等发病率相对较低羊群的样品组中,组内样品间距离较小,物种多样性也相对较小。在门水平上五组样品均以厚壁菌门和拟杆菌门为丰度最高的物种,属水平上五组样品丰度前十物种的结构差异更明显,CC、BC、GZL三组中瘤胃球菌属丰度最高,CL、YJ两组丰度最高的物种分别为理研菌属及密螺旋体属。通过KRONA分析在五个组样品中还发现了支原体属、沙门氏菌属、链球菌属等临床常见的致病菌,疾病多发的CL、YJ两地微生物组成更加复杂多样,致病菌种类多于CC、BC、GZL三组。3.不同发病率羊群粪便中耐药基因丰度检测为了探索耐药基因的分布和流行情况,本研究对CC、BC、GZL、CL、YJ等5个不同细菌性疾病发病率的羊群粪便中耐药基因的表达进行了检测,包括氨基糖苷类抗生素耐药基因、磺胺类抗生素耐药基因以及多粘菌素耐药基因(MCR-1)、新德里金属-β-内酰胺酶(NDM-1)等共25个耐药基因,检测结果显示,在全部样品中,各类耐药基因的检出率分别为:四环素类耐药基因21%、氨基糖苷类耐药基因20%、环内酯类-林可酰胺类-链阳性菌素B类(MLSB)类耐药基因17%、β-内酰胺类耐药基因13%、磺胺类耐药基因6%、喹诺酮类耐药基因5%;根据耐药基因不同功能分类检测结果分别为:抗生素失活42%、细胞保护25%、外排泵11%。五组样品中BC组耐药基因检出率最高,为91.2%,其余CC、YJ、GZL、CL四组检出率分别为81.6%、81.6%、72%、60%。Ⅰ型整合酶基因、多粘菌素抗性基因(MCR-1)以及新德里金属-β-内酰胺酶(NDM-1)检出率分别为98%、86%、78%。全部样品中四环素类耐药基因表达量最高,intⅠ1次之。本研究中耐药基因检出率及丰度与不同肉羊场细菌性疾病发病率并未发现相关性,说明耐药基因的产生与传播与不同羊群的用药习惯有关,发病率低的羊场也多采用药物对肉羊细菌性疾病进行预防,促进了相关耐药基因的产生和传播。