建设新型农村合作医疗制度是“十一五”规划建议中提出的建设社会主义新农村的重大举措。这项措施有利于解决农民看病难的问题，对于减轻农民的医疗经济负担，使因病致贫和因病返贫的现象有所缓解，统筹城乡发展、全面建设小康社会具有很大的意义。但在实施过程中仍存在很大的问题，许多农民参加合作医疗的态度犹豫不决，“一脚门里，一脚门外”的现象普遍存在；新型农村合作医疗在管理方面的极大难题等。为此，本文从公共财政的角度出发，首先研究政府在新型农村合作医疗当中的职责。通过对我国农村建立新型合作医疗制度的理论和实践意义的研究，明确了政府对农民基本医疗的责任：(1)政府的筹资责任，规定各级政府的筹资标准；(2)政府的管理责任，政府负责建立和管理经办机构，并承担管理费用，解决了政府在农村的公共卫生职能缺失。 其次，本文从云南省江川县新型农村合作医疗试点的情况出发，通过深入农村和县乡合管办的调查采访，针对合作医疗制度运行中存在的：(1)新型农村合作医疗的保障水平有待提高；(2)筹资方面存在的问题；(3)基金管理和医疗费兑付等方面存在的主要问题；(4)制度运行管理方面存在的主要问题等，深入分析原因，提出了进一步深化农村合作医疗制度改革的几方面的建议：(1)强化政府在新型农村合作医疗中的责任；(2)切实采取措施，提高农民参合积极性；(3)建立健全新型农村合作医疗管理机构，在机构和人员配置方面的建议；(4)完善合作医疗筹资制度，降低筹资成本；(5)加强对资金和对定点医疗机构的监管等。