细菌转座子Tn5gusA5在野油菜黄单胞菌8004中转座规律分析及生物学验证

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用细菌转座子Tn5gusA5诱变野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris pv.campestris以下简称Xcc),构建了Xcc 8004::Tn5gusA5插入突变体库。经TAIL-PCR扩增Tn5gusA5旁侧序列并测序,经与Xcc8004基因组序列比对后获得精确定位的Tn5gusA5插入突变体10981个。基于生物信息学原理和方法,采用VB语言和SQL Sever 2000数据库进行编程对突变体的插入位点进行分析。结果表明,Tn5gusA5插入位点有一定的规律性:Tn5gusA5在Xcc 8004基因组上倾向于插入低GC含量(50%左右的区域插入密度最高)区段;插入位点的靶序列有一定的特异性,在靶序列的首位鸟嘌呤出现的几率高,而在靶序列的末位胞嘧啶出现几率高;Tn5gusA5的插入密度与该区段基因的转录水平无明显关系。为验证Tn5gusA5插入规律,构建了含有Xcc 8004基因组低GC和高GC片段的质粒pL77,用JM109::Tn5gusA5/pL77为出发菌株,获得55个JM109/pL77::Tn5gusA5,并测序定位Tn5gusA5的插入位点。结果表明:Tn5gusA5在质粒上的转座规律与在Xcc 8004基因组上的规律相似。在质粒上Tn5gusA5也倾向于插入低GC含量区;碱基G和C分别在靶序列的首位和末尾出现的几率高。
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